柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場。而之后那個中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當(dāng)場死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因為女朋友遇到車禍而報復(fù)殺人的事實。

小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發(fā)現(xiàn)，看到了『×』的標(biāo)記，但卻不知其意。放學(xué)后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內(nèi)停電，咖啡店邊的電梯發(fā)現(xiàn)男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發(fā)現(xiàn)死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

為了送灰原去看病的柯南和阿笠博士，在東都百貨商店的地下停車場里遇到了殺人事件。被害者是和另三位擁有保時捷車的朋友打完高爾夫回去途中遇害的。目暮警官對這三個人進(jìn)行了詢問后發(fā)現(xiàn)三個人在案發(fā)時侯都有不在場證明。但是看到三個人的保時捷車內(nèi)的照片后的柯南發(fā)現(xiàn)了事情的真相。借助園子，柯南向眾人揭露了事件的真相。而兩名神秘也似乎找到了灰原所在之處？！

元太、光彥、步美目擊殺人事件。3人看見犯人要乘坐輕型卡車逃走，便潛入卡車跟蹤并聽見挖掘洞穴及埋東西的聲音。次日，柯南與小五郎造訪卡車的所有方的倉田運(yùn)輸，開始調(diào)查。在調(diào)查之后眾人并沒有找到可疑的地方，之后柯南提議首先找到兇手隱藏尸體的地方，在不斷的尋找之后少年偵探團(tuán)的各位終于找到藏尸的地方而正在這時兇手出現(xiàn)，在眾人的齊心努力下，兇手終于被制服。

白鳥警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒有當(dāng)場死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復(fù)警察。