沒(méi)過(guò)一會(huì)兒，柯南就收到了園子被人搶走的手機(jī)傳來(lái)的簡(jiǎn)訊，雖然還不知道傳簡(jiǎn)訊人的意圖，但柯南卻察覺(jué)到事有蹊蹺，他立刻打電話給小蘭讓她注意安全。與此同時(shí)，他還解開(kāi)了博士留下的暗號(hào)，根據(jù)這個(gè)暗號(hào)的設(shè)計(jì)原理，他突然想起了死者見(jiàn)山所留下來(lái)數(shù)字的含義，然而，此刻遠(yuǎn)離柯南的園子和小蘭就在兇手的車(chē)子上……

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說(shuō)她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開(kāi)了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來(lái)過(guò)的便利店，并得知她在這里買(mǎi)了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

阿笠博士帶著少年偵探隊(duì)來(lái)到岡山縣倉(cāng)敷市展開(kāi)了一場(chǎng)古代史之旅，他們?cè)谶@里結(jié)識(shí)了因同學(xué)會(huì)而重新聚在一起的五名男女，然而就在大家按照撿來(lái)的暗號(hào)進(jìn)行尋寶時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)那五人中的一人突然死亡，另外一個(gè)則被當(dāng)做重要關(guān)系人接受調(diào)查，根據(jù)少年偵探隊(duì)所找到的時(shí)光保存罐以及死者留下的死亡訊息，柯南斷定兇手就在剩下的四人中，但要抓住真兇，就必須要找到其他兩個(gè)時(shí)光保存罐。

某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲(chóng)，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲(chóng)、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認(rèn)為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開(kāi)了搜查，并向純，享，耀治等人詢(xún)問(wèn)情況。而三人案發(fā)時(shí)看起來(lái)也沒(méi)有什么異常。之后柯南留意到只有書(shū)架上的百科辭典沒(méi)有按卷數(shù)依次擺放的細(xì)節(jié)并找到了隱藏在書(shū)架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。