本堂瑛佑再次造訪毛利事務(wù)所，就在大家聚在一起討論許久未露面的歌手板垣時(shí)，來(lái)了一對(duì)父子，孩子說(shuō)他曾在一座大橋上目擊到頭發(fā)像鋸子一般的板垣的尸體，還看到處理尸體的人身上有釘子紋身并且在他們的周圍還有錘子形狀的物體，小五郎認(rèn)為這不過是小孩子撒謊的把戲，然而本堂通過摸他脖子上的脈搏判斷真假，這一幕讓柯南想起的水無(wú)，不禁開始懷疑本堂。之后，為了找尋更多線索，大家決定尋找這個(gè)小目擊者所說(shuō)的大橋。

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號(hào)的指示一路來(lái)到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個(gè)暗號(hào)，這個(gè)寫有s→w的暗號(hào)到底是何含義？阿笠博士說(shuō)這或許代表方向，而此時(shí)出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽(yáng)，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號(hào)。講完這個(gè)十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對(duì)，便重新將這個(gè)事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個(gè)謎題其實(shí)是……

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉(cāng)看繡球花的時(shí)候遇見了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對(duì)他們進(jìn)行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有作案動(dòng)機(jī)和嫌疑，但他們卻有不在場(chǎng)的證明。死者的三個(gè)兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因?yàn)檫z產(chǎn)分配問題爭(zhēng)吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個(gè)父親的哀傷。

服部打電話告訴柯南雖然沒有查到水無(wú)憐奈的過去，但是找到了關(guān)于神秘轉(zhuǎn)學(xué)生本堂英祐的事情，于是，柯南根據(jù)服部所提供的情報(bào)和阿笠博士、灰原來(lái)到了據(jù)說(shuō)有英祐父親照片的模型店店長(zhǎng)的家中，可是，店長(zhǎng)卻發(fā)現(xiàn)柯南要找的照片突然不見了，并且根據(jù)房中所留下的痕跡來(lái)看，柯南斷言一定有人曾入侵過這個(gè)房間。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！