柯南、少年偵探團、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運送螢火蟲的貨車到達。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結隊的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達時，發現中嶺已經死在車內，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內還飛著一只……螢火蟲。。。

553 問訊室日文名字：ザ取調室對應漫畫：動畫原創收視率：8%播映時間：2009年10月31日簡介：保護司櫻庭遇害，富樫剛走出拘留所即被逮捕。富樫是小五郎刑警時代逮捕的殺人犯。小五郎不敢相信過去是模范囚犯的富樫會在假釋當天就犯下殺人罪行。得到目暮警官默許，小五郎決定在下午4點送審之前審訊富樫。期間柯南和高木刑警一起對現場進行二次取證。柯南從目擊者的話中察覺到事情的真相…......。

556 恐怖的交叉路口日文名字：恐怖の交差點對應漫畫：動畫原創收視率：8.3%播映時間：2009年11月21日簡介： 柯南和小蘭乘坐小五郎駕駛的租來的車前往溫泉。歸途中路徑農田地帶時，前方十字路口發生車禍。紅色進口車撞上綠色車，墮入運河后爆炸。而綠色車則卡在了路邊的廣告牌中。綠色車內的汽車技師車谷獲救，然而自由職業者速水的遺體被從紅色進口車內搬運出。由于該十字路口經常發生車禍，交通科的道田判斷僅為一起普通車禍，但柯南發現了可疑之處，推理認為并不是一起車禍事件…。

柯南等人急匆匆的跑去米花公園的池塘里看被人丟棄的咬人龜，期間，他們遇見一個冒牌飼主二本松，雖被識破但他還是用花言巧語騙過了光彥等人，可讓他沒想到的是池塘里居然會冒出四只咬人龜，不知出于什么目的，他決定全部收養，柯南覺得二本松的行為很可疑，于是就暗中進行調查，發現他與一起搶劫案有關，可他為什么要領養咬人龜？

警察在案發現場發現了一個筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據這個筆記本，大和警官推測兇手就是因為內疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現場，并從一名警察那里聽到了關鍵的線索，兇手就是……