小五郎，柯南和小蘭三人在前往泡溫泉的路上遇到了一起交通意外，其中駕駛紅色車子的速水當(dāng)場(chǎng)死亡，另一位車主車谷整司則身受重傷，據(jù)當(dāng)?shù)亟痪f發(fā)生車禍的原因可能是因?yàn)闆_撞路線現(xiàn)象，但柯南卻并不認(rèn)為這是單純的交通事故，因?yàn)樗霸诒憷暌娺^這兩輛車子，當(dāng)時(shí)明明是開往不同的方向?yàn)槭裁磿?huì)如此巧合的發(fā)生相撞，調(diào)查之后，事情果然如他料想一般，這是一起有預(yù)謀的殺人案。

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個(gè)小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個(gè)行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個(gè)叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個(gè)孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時(shí)間以及讓認(rèn)識(shí)的人互相捆綁這兩點(diǎn)，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計(jì)劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭(zhēng)分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計(jì)就計(jì)把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來，本以為一切就此結(jié)束，沒想到……

柯南、小蘭和小五郎在百貨公司吃飯的時(shí)候，結(jié)識(shí)了樂隊(duì)吉他手中村悠介，之后，小蘭和他一起去地下室拿取CD，沒想到竟然在休息室看到了主唱渡邊友紀(jì)子的尸體，警方立刻展開調(diào)查并且對(duì)樂隊(duì)其他人進(jìn)行偵訊，每個(gè)人都有殺人的動(dòng)機(jī)和嫌疑，就在他們互相指責(zé)懷疑之時(shí)，柯南在八樓發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵性的線索，兇手果然就是那個(gè)人！

雖然根據(jù)收據(jù)知道了這13件t恤是在每個(gè)周日的12：28所購買的物品，但專柜的銷售員卻不記得購買人的長(zhǎng)相，與此同時(shí)，柯南從t恤上奇怪的折痕調(diào)查出了十多年前的登山家遇難事故，而這似乎與這起爆炸事件有特殊的關(guān)聯(lián)，就在人質(zhì)們開始躁動(dòng)的時(shí)候，柯南將小五郎麻醉，并指出了放置炸彈的幕后黑手，而他就是……