在咖啡廳進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，柯南提醒警方和小五郎，他們?cè)姷降木脼|或許并不是她本人，這時(shí)，莊堂提議帶他們?nèi)ゾ脼|買洋裝的服裝店，并證實(shí)了久瀨一個(gè)人來買衣服的事實(shí)，加之在咖啡廳打碎的杯子上檢測到久瀨的指紋，這些無疑都成了莊堂無法犯案的證明，然而，不論計(jì)劃多么嚴(yán)密，都無法瞞過柯南的眼睛，他將喋喋不休的小五郎麻醉并躲在柜臺(tái)后面道出了真相。

妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會(huì)立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時(shí)，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

柯南他們?cè)诿谆ò儇洿髽抢镉龅搅艘粋€(gè)被不明人士綁滿炸彈的男人，他說歹徒的目的是為了抓住每周給他寄紅色t恤的人，如果找不到那個(gè)人，歹徒將引爆散落在各處的炸彈，面對(duì)如此危機(jī)的狀況，柯南將如何應(yīng)對(duì)？與此同時(shí)，貌似赤井秀一的燒傷男性也出現(xiàn)在了這棟大廈中，他給茱蒂老師留下“此處有危險(xiǎn)”的訊息后消失不見，而得知赤井出沒米花百貨消息的黑衣組織也展開了行動(dòng)，這個(gè)人真的是赤井秀一嗎？

對(duì)時(shí)鐘狂熱的保科琉璍子在自己的身日宴會(huì)上被刺身亡。在調(diào)查來賓是古垣透露出犯人肯能是個(gè)胖子的證詞，而在調(diào)查了所有客人后并沒有發(fā)現(xiàn)符合猜想的嫌疑人。在聽到大時(shí)鐘的零點(diǎn)報(bào)時(shí)后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人利用報(bào)時(shí)的大時(shí)鐘的殺人手法和兇手的身份。兇手最終承認(rèn)了因?yàn)闉楹糜褕?bào)仇而殺人的事實(shí)。

大家二次來到倉庫后發(fā)現(xiàn)了在門上方供奉著的神壇，而讓柯南更為好奇的是神壇對(duì)面的大算盤，這很可能是啟動(dòng)機(jī)關(guān)的鑰匙，仔細(xì)觀察倉庫之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的蹊蹺，他叫來警察與他一起根據(jù)灰塵的多少撥動(dòng)算珠，果不其然，天花板漸漸向下移動(dòng)，警察不僅在這里找到了被盜的寶物還抓住了偷盜者，案件結(jié)束后，柯南揪出了那個(gè)一直暗中幫助元太他們的“軍師”，而這個(gè)人正是……