小五郎的朋友向日葵酒吧的老板井上弘子意外被人殺害，當(dāng)他和柯南趕到案發(fā)現(xiàn)場時(shí)，弘子的男朋友高岡明已守在尸體旁邊，目暮警官等也展開了調(diào)查，據(jù)周圍人所說，在案發(fā)期間并沒有人出入死者所在的公寓，并且嫌疑人高岡明當(dāng)時(shí)也有充分的不在場證明，就在警方斷定這是起入室搶劫殺人事件時(shí)，柯南發(fā)現(xiàn)了關(guān)鍵線索，他重新推斷死亡時(shí)間，并斷言這里并非案發(fā)的第一現(xiàn)場。

小蘭和園子去吃帶上小學(xué)生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺得無聊去商場廁所時(shí)看到了高木、千葉和5歲的人質(zhì)結(jié)誠佳代子的媽媽。柯南去地下停車場解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當(dāng)人質(zhì)劫車帶走。小蘭找來了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開搶殺了柔道黑段、經(jīng)常拖欠工人工資而引發(fā)金錢糾紛的恩田和美。原因是替開發(fā)過許多游戲卻沒得到應(yīng)得數(shù)目的工資的朋友金山報(bào)仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對柯南開槍，大嶺救了柯南，柯南找來阿笠博士幫忙掩護(hù)。在毛利的調(diào)查中，幕后嫌疑人有三個。。。

傳說中的幽靈鬼屋里住進(jìn)了一個奇怪的大叔，但當(dāng)柯南他們趕去調(diào)查時(shí)看見的卻是整齊的庭院。不幸的是這個整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院門口，少年偵探團(tuán)遇到了前來取畫的畫商并從他的口中得知住在這里的人是畫家和田，可是大家找遍了房子也沒能找到畫作，就在他們要放棄之時(shí)，來了兩名前來看畫的客人，而這個人正是和田失憶的阿姨，為了讓疼愛自己的阿姨恢復(fù)記憶，和田到底創(chuàng)作了怎樣一幅畫？

簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

柯南等人和阿笠博士一起來雪山玩，元太堆雪人的時(shí)候，結(jié)識了正在為美術(shù)大學(xué)做畢業(yè)展作品的四名大學(xué)生，可沒過多久其中一名叫小倉朔子的女生竟然不見了身影，于是，大家在茫茫風(fēng)雪中分頭尋找，卻意外的發(fā)現(xiàn)朔子竟然死在滑雪場懸崖下的池塘里，警察也立刻趕來介入調(diào)查，并分別對死者的其他三名朋友進(jìn)行偵訊，但沒有發(fā)現(xiàn)任何可疑之處。