為了完成寫(xiě)生作業(yè)的少年偵探團(tuán)來(lái)到了米花市的郊外，在那里他們看到了草叢上的UFO，而這與一起殺人事件有著關(guān)聯(lián)。正當(dāng)柯南等人詢(xún)問(wèn)高木警官時(shí)UFO的主人小沼博士出現(xiàn)了，在調(diào)查研究所時(shí)發(fā)現(xiàn)了死者和自己要好的大哥萬(wàn)年先生都為大藏工作，小沼先生正好買(mǎi)了大藏的字畫(huà)，而身藏巨款的大藏臨死之前告訴死者和萬(wàn)年的訊息便是UFO。

通過(guò)新架設(shè)的偵探事務(wù)所網(wǎng)頁(yè)得到了一份乍看之下很簡(jiǎn)單的委托，當(dāng)小五郎帶著柯南、小蘭和安室前往更改的見(jiàn)面場(chǎng)所后依然沒(méi)有見(jiàn)到委托人，再次回到事務(wù)所的他們又收到了委托人的訊息，佯裝離開(kāi)事務(wù)所的他們發(fā)覺(jué)了其中的蹊蹺，再次回到事務(wù)所的他們準(zhǔn)備揭穿嫌犯的手法，但在這時(shí)他們卻聽(tīng)到了廁所里傳來(lái)的槍聲。

少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱(chēng)所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

通過(guò)大和警官對(duì)若松社長(zhǎng)死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長(zhǎng)的人，一方面開(kāi)始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒(méi)被檢查的社長(zhǎng)夫人卻死在了自己的房間里。

柯南已經(jīng)從對(duì)三位女性的拜訪(fǎng)中知道了真正的兇手，情奈小姐敷衍并粗糙的犯案手法讓柯南非常擔(dān)心她事后會(huì)做出傻事，但柯南推理中的疏忽讓兩人陷入了危機(jī)。持槍的劫犯挾持柯南和情奈駕車(chē)逃跑，知道了情況的眾人都緊跟其后，最終世良出手救下了柯南，在營(yíng)救過(guò)程中安室和昴撞了個(gè)照面，而兩人都露出了詫異的表情。