在黑暗世界昂巴拉的一場突擊行動期間，天行者將軍被召回科洛桑。他必須將501軍團的指揮權讓給著名的絕地大師克雷爾，后者被證明對克隆人持有偏見。

在一次絕地任務中發現了一柄光劍，它屬于很久之前死去的賽福-迪亞斯大師。這促使尤達、歐比旺和安納金開始調查這起發生于十年之前的消失事件。

克雷爾派雷克斯上尉和他的人馬執行一項不可能的任務：攻占一座戒備森嚴的昂巴拉軍空軍基地。

和平世界Bardotta及其神秘之道受到古老預言的威脅，而它的最高精神領袖們都已經消失了。

ARC士兵五號不贊成克雷爾將軍的策略，他自己想出一個未經批準的、需要動用被繳獲的昂巴拉星際戰斗機的計劃。