柯南等人來到方斗寺調查會預知未來的佛像一事，因天色已晚便決定在寺院內留宿。正當眾人享用晚飯時，突然從房內傳出一聲慘叫，原來是正在房中念經的住持被人殺害。毛利小五郎通過柯南在院內找到的一些線索，推斷出了兇手的身份，然而正當兇手跪地坦白自己的罪行時，柯南突然發現案件并沒有結束……

一天，李黎給米小圈出了一道腦筋急轉彎，一道題里面有十個大爺，問哪個大爺偷了錢，米小圈正絞盡腦汁想到底哪個大爺偷走了錢，還讓同學們紛紛出來情景演繹，就在這個時候，班級里忽然來了不速之客，對方小小的個字，說話卻非常苛刻，并且對同學滿臉不屑，米小圈對這個不懂禮貌的小屁孩非常反感，就在這個時候班主任魏老師來了，給班上的同學介紹，這時他們班新傳來的學生王聰聰。聽說這個王聰聰總是跳級，從一年級直接跳到三年級，貌似天資異稟，智能超強，米小圈才對此不感冒，沒過幾天，語文老師提到民間習俗對對聯，米小圈本來對自己的對子特別自信，可是王聰聰話音一轉，直接成了公然嘲諷，同學們立刻哄堂大笑。米小圈也有了新的綽號“方大方”，米小圈對新來的同學恨得咬牙切齒。沒過幾天，姜小牙在課間吹噓父親剛剛買了新車，家里又碩大的別墅，這輛新車只是開進院子就需要半個小時。旁邊一直有小朋友發出驚訝艷羨的感嘆，王聰聰卻笑問有一樣東西，上可以貼著天，下可以貼著地，問這樣東西是什么，眾人開始迷惑不解，王聰聰抑郁成績，就是嘴巴。大伙哄然大笑，姜小牙的臉都綠了。米小圈和姜小牙對王聰聰恨得牙齒癢癢，他們慫恿李黎統一戰線也給王聰聰一點厲害，但王聰聰

柯南醒來后發現自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習慣后他才發現自己被困在了棺材里，能聽到風聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯系呢？

根據死者背包中的贓物，秀一判斷該死者可能是一名搶劫犯，同時他發現還有一名嫌疑犯在逃。柯南在秀吉的幫助下帶來了三名有作案嫌疑的游客，經過秀一的推理，真相很快浮出水面，警方也順利抓獲了犯罪嫌疑人。至此，柯南終于回憶起十年前與世良初次相遇的情景，同時他也意識到，世良可能已經知曉自己的真實身份。

毛利一家大早上就來到了白羅咖啡廳，安室特制的蛋糕是店里的招牌，但打開冰箱后卻發現蛋糕融化了。少年偵探團聽到柯南在白羅咖啡廳便全跟了過來，得知蛋糕融化后他們都很失望，為了讓伙伴們吃到安室的蛋糕柯南準備著手調查此事，經過了幾天的監控他們并沒有找到原因，這起蛋糕融化事件的真相到底是什么？