與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之三)卸掉偽裝后，工藤新一出現(xiàn)在滿月之下，在眾賓客吃驚之余，他也開(kāi)始了對(duì)整件案子的推理。他首先排除了木乃伊的嫌疑，并利用搜集來(lái)的線索一步步的將真兇以及他的手法公之于眾，沒(méi)錯(cuò)，兇手確實(shí)與小五郎一組，他就是……另一方面，看到灰原被茱蒂帶走，新出醫(yī)生便尾隨其后，車(chē)子一直開(kāi)到碼頭，茱蒂下車(chē)揭露出他的真實(shí)身份，而這個(gè)人就是寄信給柯南和小五郎同時(shí)也是她殺父仇人的蓓摩特。

柯南、小蘭與小五郎因車(chē)子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！

某日，童星絹川和輝來(lái)到毛利偵探事務(wù)，委托小五郎根據(jù)他媽媽寄來(lái)的明信片找出她的所在，于是，柯南一行四人跑遍熱海的旅店進(jìn)行詢問(wèn)，最終找到了有這張明信片的旅店，店里除了三名女店員，還有一位叫下鴨的客人，當(dāng)晚，小蘭去給下鴨送鏡頭蓋時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)他被人勒死在浴室中，趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的警察從下鴨當(dāng)時(shí)拍攝的照片中發(fā)現(xiàn)，兇手是一個(gè)胸口有痣的女人，絹川得知后很難過(guò)，因?yàn)樗赣H的胸口就有一顆痣。

柯南與少年偵探團(tuán)與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見(jiàn)在看電視轉(zhuǎn)播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉(zhuǎn)會(huì)而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個(gè)赤野在支持者混雜的電車(chē)內(nèi)被殺害了。在柯南等各位少年偵探團(tuán)的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時(shí)灰原卻默默的走離人群？

在電梯邊被殺的中條寫(xiě)下暗號(hào)『○×△』。還有一個(gè)文字是在殺害現(xiàn)場(chǎng)的電梯踏板邊的『□』。柯南從英語(yǔ)老師朱蒂的話中得到啟發(fā)，在調(diào)查死者的工作場(chǎng)所之后發(fā)現(xiàn)碎紙機(jī)的存在從而推理出死亡信息的真實(shí)意義。原來(lái)死亡信息很像是文字的部分，像記號(hào)般的文字。而在對(duì)照目暮警官拿著嫌疑犯的名單之后很快找到了兇手！