這個(gè)安置炸彈引起恐慌的不是別人，正是扮演無(wú)辜公民的綁著炸彈的那個(gè)男人，柯南不僅揭穿了他的身份還將他曾經(jīng)殺人的事情公之于眾，案件圓滿(mǎn)解決之后，柯南看到了不不明人士傳給小五郎的推理簡(jiǎn)訊，根據(jù)目擊者所說(shuō)傳簡(jiǎn)訊的那人很可能就是面帶傷疤的赤井秀一，待柯南追出去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)赤井已經(jīng)離開(kāi)了大廈，而蓄意暗殺他的黑衣組織也因接到幕后老板的指示撤消了暗殺行動(dòng)。

解決了暗號(hào)事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進(jìn)入即將拆遷的大樓內(nèi)來(lái)玩捉迷藏。就在這時(shí)元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們?cè)谒褜さ倪^(guò)程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個(gè)工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團(tuán)們開(kāi)始尋找被困的人，就在這時(shí)之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！

游戲公司社長(zhǎng)的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購(gòu)物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時(shí)，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車(chē)擺脫了警方的追擊，帶柯南來(lái)到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開(kāi)始懷疑這個(gè)為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

小五郎受邀來(lái)到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長(zhǎng)仁地村被人綁架的畫(huà)面。社長(zhǎng)的妻子兼副社長(zhǎng)沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車(chē)解救人質(zhì)，就在電車(chē)開(kāi)往中戶(hù)呂鐵橋的時(shí)候，沙希按照指示將包包從窗戶(hù)丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發(fā)現(xiàn)時(shí)，贖金已經(jīng)被犯人拿走，而社長(zhǎng)仁地村也被殺害。雖然事情已經(jīng)結(jié)束，但柯南和小五郎卻重返現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查，并發(fā)現(xiàn)……

受小林老師之托的少年偵探團(tuán)在視聽(tīng)教室找防范犯罪錄音帶，這時(shí)，千葉警官突然出現(xiàn)，雖然他嘴上說(shuō)是為了懷念母校，但實(shí)際目的卻是為了找13年前一個(gè)女孩子留給他的情書(shū)回復(fù)，詢(xún)問(wèn)過(guò)詳細(xì)情況后，大家?guī)退黄鹪诒姸噤浻皫е姓遗⒘粝碌男畔ⅲ罱K，柯南找到了女孩的回復(fù)，得知對(duì)方也喜歡自己的千葉，準(zhǔn)備在今晚的同學(xué)會(huì)向這名女生表白，曾經(jīng)錯(cuò)過(guò)這段感情的千葉警官能找到自己的幸福嗎？