小蘭在英語課上開小差后被老師朱蒂發現，看到了『×』的標記，但卻不知其意。放學后，園子同朱蒂與柯南一起去咖啡店。突然大廈內停電，咖啡店邊的電梯發現男性的尸體。是誰被殺了，而在死者隨身帶著的資料帶上有用血書寫的『○×△』又有什么意思？是被害者留下的暗示嗎，柯南發現死亡信息的不同之處，是否解開了死亡信息的謎題？

帝丹高中最近發生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫生，于是一行人在園子的帶領下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導致保坂死去的樓梯，經過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現了保坂的書桌……

見到高城登之后大家就否定了之前的想法，因為沒有人會帶著自己的孩子進行毒品交易，那么，只有那三個沒有填寫信息表的人最有嫌疑，柯南通過包包中的手帕推斷出進行毒品交易的就是那個做棒球動作的人，于是，大家分頭尋找，與此同時，聽到他們零星對話就斷章取義的警局同事也忙著找高木的包包，面對這種突如其來的狀況，高木能夠找回戒指向佐藤求婚嗎？

少年偵探隊為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領下來到東都現象所，可是由于某些原因，預定的試映時間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機先行離開，因此柯南等人就暫時留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當場身亡。

帶著小蘭抽到的一張餐飲招待券，柯南一行人來到中華街的一家餐廳，并在那里與剛結識的幾名電影相關人士同一桌吃飯，只是沒有想到坐在柯南旁邊的川端突然毒發身亡，之后，警方介入調查但并未從川端的衣物上檢查出毒物反應，反而從他使用的盤子和毛巾上測出毒物，警官便因此懷疑坐在死者身邊的小五郎。而另一邊，身體不適的小蘭也不知所為何事而心事重重。