無法渡海，大家只能暫時(shí)待在鎮(zhèn)長家的廢棄別墅里，然而干坐在這里等救援還不如對這棟房子進(jìn)行一番調(diào)查，于是 ，大家就分組行動，柯南和服部等人在一樓的房間里發(fā)現(xiàn)了鎮(zhèn)長和他女兒的照片以及房梁上一些莫名其妙的文字，突然間，二樓傳來慘叫，久米不知為何在看到鎮(zhèn)長女兒的肖像油畫后就變的很反常，這時(shí)，救援船趕來，可船上卻只有一具船長的尸體和一行字句，事情變得越來越奇怪了。

平次和和葉子預(yù)定來找柯南，但到了預(yù)定時(shí)間還沒有出現(xiàn)柯南他們很擔(dān)心。小蘭突然想起了服部說過要和一個(gè)叫楠川的偵探見面。不久柯南他們在楠川的公寓找到線索后來到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱平次他們的事自己完全不知情。但此時(shí)服部和和葉正被關(guān)在他家的房頂里，原來伊藤的目的是為了逼迫平次解開放有自己偷稅證據(jù)的銀行保險(xiǎn)箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險(xiǎn)？

電視臺為了舉辦一場東西推理大對決，便邀請小五郎和服部一起來沖繩島。之后大家與電視臺的工作人員事先搭船到發(fā)現(xiàn)不明男尸與詭異文字的無人島，考察完畢準(zhǔn)備返回時(shí)，卻在海灘上發(fā)現(xiàn)了被不明人士殺害的工作人員之一平良小姐，而在她的身旁還留下了一行讓人不快的字句，就在服部和柯南進(jìn)行推理時(shí)，送他們來的船只和船長也消失了蹤影。

柯南他們與正在公園找尋東西的高木刑事相遇。原來他在這里調(diào)解吵架后，不小心把遺失了警察手冊。高木刑事調(diào)解的當(dāng)事人之一是無名的歌手半崎，好象就住在公園附近。柯南他們分頭找尋半崎，卻不見他人影。正要放棄時(shí)半崎在公園里出現(xiàn)。柯南眾人發(fā)現(xiàn)半崎的疑點(diǎn)，在偵查推理之后眾人救下了顯遭殺害的杉山。高木也找回了自己的警察手冊。

少年偵探隊(duì)為了看電影假面劍客的試映會，在有希子的帶領(lǐng)下來到東都現(xiàn)象所，可是由于某些原因，預(yù)定的試映時(shí)間必須向后延長，而有希子又要趕搭飛機(jī)先行離開，因此柯南等人就暫時(shí)留宿穗島先生家，沒想到的是在客廳沙發(fā)上睡覺的古村先生被不明人士用刀子刺向了心臟，當(dāng)場身亡。