如果電話(huà)一直沒(méi)人接，黑暗組織必將有所行動(dòng)，于是柯南拿起電話(huà)利用變聲領(lǐng)結(jié)和沃克商量交易的時(shí)間和地點(diǎn)，將交易時(shí)間提前之后，阿笠博士和柯南立刻開(kāi)車(chē)返回東京，不料車(chē)子居然爆胎，就在這時(shí)，路上駛來(lái)一輛車(chē)，搭上順車(chē)的柯南發(fā)現(xiàn)車(chē)?yán)锏囊荒幸慌苁枪殴郑伤菩侣劺锼f(shuō)的珠寶大盜，途中，他們還遇到了群馬縣警察臨時(shí)檢查，不過(guò)柯南并沒(méi)有揭穿他們，難道柯南就這樣讓他們逃脫警方的追捕逍遙法外？

朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護(hù)計(jì)劃。另一方面從學(xué)校回來(lái)的路上步美與柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個(gè)穿雨衣的男人撞在一起并倉(cāng)皇離去，而這個(gè)人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說(shuō)出手上發(fā)現(xiàn)了一個(gè)類(lèi)似""5""似的記號(hào)，而這個(gè)記號(hào)究竟又是什么意思呢？

懷疑小蘭的高中英語(yǔ)教師朱蒂是黑衣組織的成員而拜訪(fǎng)公寓的服部平次與柯南，遇上朱蒂隔壁房間的主人高井墜樓摔死的案件。確信密室狀態(tài)的臥室從窗戶(hù)墜落的高井不是自殺而是他殺的兩人，在臥室調(diào)查中的平次接到和葉從大版打來(lái)的電話(huà)而明白犯罪手段的平次加上高井留下的證據(jù)。兩人向目暮警官建議在臥室重現(xiàn)案發(fā)。

藤枝干雄收到暗殺的威脅，為了阻止暗殺找來(lái)了小五郎，而委托的酬勞竟然是1千萬(wàn)日元！但在事件解決之前小五郎居然用掉了五百萬(wàn)日元，之后因?yàn)闊o(wú)力阻止暗殺，最終分居中的妻子妃英理代替他去了委托人那里。而同時(shí)到達(dá)那里的還有柯南的母親工藤有希子！而此時(shí)通過(guò)監(jiān)視器眾人發(fā)現(xiàn)獨(dú)自在房間里的藤枝竟然倒地不起！沖過(guò)去之后發(fā)現(xiàn)藤枝干雄已經(jīng)死亡。

在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能?chē)子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車(chē)禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。