受百合香小姐之邀小五郎帶著小蘭和柯南前往了葡萄園，在那里他們看到了前來(lái)簽合同的山口先生，而百合香小姐的丈夫健吾卻帶著契約不知所蹤。水町帶來(lái)的契約上已經(jīng)有了健吾的簽名，在水町帶著小五郎等人參觀葡萄園時(shí)百合香小姐依舊沒能找到自己的丈夫，他們一起前往酒庫(kù)后才發(fā)現(xiàn)健吾已經(jīng)遇害，而除了水町之外其他的人都有不在場(chǎng)的證明。

被初音小姐雇傭的偵探安室透在調(diào)查伴場(chǎng)先生時(shí)發(fā)現(xiàn)了一件事，初音小姐和伴場(chǎng)先生都是從同一間飯店獲救的嬰兒，兩人都是在身份不明的情況下在同一所教會(huì)中撫養(yǎng)長(zhǎng)大，聽到這些之后的初音非常在意。所有的證據(jù)都指向了伴場(chǎng)先生，在車底找到初音小姐掉落指甲的柯南似乎看出了事情的真相，這背后或許有著令人悲傷的事實(shí)。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請(qǐng)下，少年偵探團(tuán)的眾人來(lái)到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機(jī)關(guān)，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們?cè)谡∷奶巺⒂^時(shí)突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。

乍看之下發(fā)生在眼前的命案無(wú)疑是自殺事件，但諸多的疑點(diǎn)讓柯南和平次沿著他殺的方向調(diào)查，在詢問(wèn)過(guò)有嫌疑的三人后柯南和平次有了初步的判斷，但現(xiàn)在還不清楚的是辦案的手法。毛利小五郎的調(diào)侃讓柯南和平次靈機(jī)一動(dòng)，在三名嫌疑人到達(dá)現(xiàn)場(chǎng)后服部利用平板電腦還原了命案的經(jīng)過(guò)。

柯南以工藤新一的身份聯(lián)系沢栗熏，并讓他拍照傳送這三位嫌疑犯的簽名書，期間，新一得知了沢栗熏的外號(hào)鶯鳥并推敲出了沢栗未紅取綽號(hào)的規(guī)則，根據(jù)死者生前在SNS留下的信息，新一知道了兇手是誰(shuí)，但他卻無(wú)法冒著犧牲兩條人命的風(fēng)險(xiǎn)揭露真相，所幸警方的狙擊手已經(jīng)就緒，然而，小蘭卻做出了讓人吃驚的舉動(dòng)……