少年偵探團(tuán)利用連休來(lái)到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂(lè)趣，但跟著他們一起前來(lái)的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購(gòu)買(mǎi)的老店中卻沒(méi)有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來(lái)的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽(tīng)到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請(qǐng)下，少年偵探團(tuán)的眾人來(lái)到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機(jī)關(guān)，而沒(méi)有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們?cè)谡∷奶巺⒂^時(shí)突然聽(tīng)到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見(jiàn)了蹤影。

與服部一起來(lái)到東京的和葉在家庭餐廳買(mǎi)真空包裝咖喱時(shí)遇到了殺人事件，世良真純提議讓西部偵探代表服部與工藤借此機(jī)會(huì)進(jìn)行一場(chǎng)推理對(duì)決。趕到案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)之后，柯南、服部等人見(jiàn)到了第一個(gè)發(fā)現(xiàn)死者的卡梅隆警官，目前死者的身份無(wú)法確定，唯一的線索就卡梅隆曾聽(tīng)到過(guò)的死者疑似自殺的話，得知死者帶有關(guān)西口音后，服部推斷出兇手就在這家餐廳。

急著跑進(jìn)偵探事務(wù)所的千葉警官拜托小五郎找人，與他在咖啡館相識(shí)的美緒小姐最近遭到了恐嚇，從廁所回來(lái)的千葉警官得知美緒小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四處尋找拿錯(cuò)雨傘的美緒小姐時(shí)千葉警官又遭到了不明車(chē)子的襲擊。正在和小五郎他們四處尋找美緒的千葉接到了通報(bào)，而卷入殺人事件中的年輕小姐便是美緒。

阿笠博士為了鑒定古董壺的價(jià)值而在影音網(wǎng)站上傳了影像，沒(méi)想到卻引起了這次的綁架事件。就在柯南等人重新購(gòu)買(mǎi)咖喱食材的那段時(shí)間內(nèi)，在家里的阿笠博士被電暈，而和博士在一起的步美也被綁架了，而綁架犯的目標(biāo)卻是讓柯南他們尋找簡(jiǎn)訊中的貓，在柯南等人來(lái)回奔波時(shí)綁架犯又發(fā)來(lái)了訊息，聲稱找到貓的綁架犯釋放了步美，但他們的真正目的到底是什么？