死者因背部被利刃刺中失血過多而死，警方立刻展開了調(diào)查，他們首先對(duì)撒旦鬼塚進(jìn)行了偵訊，雖然他可以卸去魔鬼妝假扮送外賣的員工跑去二樓殺人，但大家并未在他的休息室內(nèi)找到鏡子，在沒有鏡子狀態(tài)下他如何變回魔鬼妝？柯南一開始就認(rèn)定社長(zhǎng)是鬼塚所殺，可是卻苦于想不到他的犯案手法，一籌莫展之際，桌子上的紙鶴和透明尺給了他提示，變身魔鬼之謎終被破解！

在去往餐館的路上，柯南和小五郎目睹了一起車禍，所幸受害者立松新三郎和小此木清隆都沒有生命危險(xiǎn)，本以為這是場(chǎng)單純的車禍，但有目擊者表示那輛肇事車并非偶然經(jīng)過，如此看來這是一起殺人未遂案件。隨后警察找來了小此木的外甥和她未婚妻一倉分別進(jìn)行了偵訊卻并未發(fā)現(xiàn)異常，這時(shí)，“日本第一倒霉的男人”立松說歹徒的目的是置他于死地，事情的真相果真如立松所說嗎？

兇器是房間工具箱里的錘頭，并且柯南還發(fā)現(xiàn)每個(gè)人的房間都有薰衣草和工具箱，到底是誰做出這種安排？又是出于什么目的呢？既然是無人島，那么兇手一定就是這棟房子中的一人，之后柯南他們又對(duì)供電的小房子進(jìn)行了調(diào)查，然而根據(jù)所找的線索，柯南，服部和白馬探每個(gè)人鎖定的嫌犯都不相同，即便如真相也只有一個(gè)！

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

沒過多久本堂瑛佑再次找到小五郎說他在網(wǎng)上發(fā)現(xiàn)了一件有趣的事情，于是就把他們帶到了鳥矢町，沒想到竟然在這里遇見了高木和目暮警官，他們正在調(diào)查一起兇殺案，死者是住在附近的船本太太，就在大家詢問案情的期間，船本家的兒子透司說兇手是一個(gè)穿著黑衣服的外國(guó)女人，難道是黑衣組織？這時(shí)，柯南突然想起這個(gè)小男孩就是曾出現(xiàn)在水無憐奈車禍現(xiàn)場(chǎng)的人。