小五郎被山崎社長邀請去拍攝宣傳廣告。在吃飯的時候聽到玻璃破碎的聲音，跑過去看的時候發(fā)現(xiàn)山崎社長從窗戶里掉出來摔到懸崖下死，而房間竟然是密室狀態(tài)！調(diào)查后發(fā)現(xiàn)死因是因被大量蜜蜂追趕而不慎掉入山谷，但柯南在調(diào)查現(xiàn)場之后發(fā)現(xiàn)事實并非如此，黏在門把手上的奇怪東西最終讓柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份和犯罪手法。

少年偵探隊為準(zhǔn)備兒童大會要表演的布偶戲，隨一個叫海部大學(xué)生去霧之丘高原進(jìn)行特訓(xùn)，可是當(dāng)晚柯南發(fā)現(xiàn)同他們一起來的小朋友和相應(yīng)的布偶都不見了，就在柯南和光彥去二樓進(jìn)行調(diào)查的時候，元太和步美也突然失去了蹤影，因為電話線被不明人士割斷，兩人跑到離這里最近的另一家民宿，卻看到……

玉之助半夜悄悄出門，妹妹小惠和柯南暗中跟蹤到了劇團(tuán)，兩人剛進(jìn)劇團(tuán)就在舞臺上發(fā)現(xiàn)了被人打昏了玉之助和劇團(tuán)經(jīng)理系江的尸體，而她的身邊有一張紙條和許多木屑。雖然玉之助昏迷但是他卻被認(rèn)定為重要嫌犯，當(dāng)柯南再次來舞臺調(diào)查時，他突然想到了什么便匆忙趕往醫(yī)院，并通知警方好好保護(hù)玉之助，犯人果真去了醫(yī)院，但他身手靈敏，躲過了警察的追捕，沒錯，這個人就是半年前消失的江戶小子！

雖然少年偵探團(tuán)被發(fā)現(xiàn)且命懸一線，不過幸好柯南及時趕到，大家得以解救，至于這個黑衣女人根本不是組織里的人。回家的路上，灰原識破柯南的身份并說自己是黑衣組織的人，而阿笠博士現(xiàn)在已經(jīng)……，聽到這些，柯南匆忙趕去博士家卻發(fā)現(xiàn)博士安然無恙，而這時灰原也回到家，原來她因為姐姐的事情已經(jīng)背叛了組織并且服用了和柯南一樣的藥讓身體變小，走投無路之下來到工藤家，被博士發(fā)現(xiàn)而收留。

就在警方焦頭爛額的想暗號含義時，遠(yuǎn)在大阪的服部給出版社打來電話說自己已經(jīng)破解暗號即就是「請快點救我」，但接下來的信息卻難以用同樣的方法讀取。柯南看著這些文字也無計可施，然而別人的對話卻突然點醒了他，他以另外一種方法解讀出作者的所在和目前的狀態(tài)后，便引導(dǎo)警方和小五郎發(fā)現(xiàn)了其中隱藏的信息，但當(dāng)大家趕到任太朗的所在地時，卻并沒有發(fā)現(xiàn)任何歹徒……