柯南的班級(jí)轉(zhuǎn)來(lái)了一個(gè)叫灰原哀的女生，而同一天少年偵探隊(duì)也收到了同校俊野幫忙找哥哥的委托，大家一起去俊野家進(jìn)行調(diào)查，發(fā)現(xiàn)了一張夏目漱石的肖像畫(huà)，俊野說(shuō)曾有一個(gè)黑衣女人很賞識(shí)這幅畫(huà)，聽(tīng)到這些，柯南馬上聯(lián)想到了黑衣組織，便急忙帶領(lǐng)偵探隊(duì)走街串巷的尋找線索，期間，在便利店遇到的一個(gè)使用假錢(qián)的男子引起他的注意，于是，一路尾隨，推理出了這名男子的去向。

原來(lái)幸田把從寶石店里偷來(lái)的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過(guò)來(lái)時(shí)幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開(kāi)整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說(shuō)明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門(mén)說(shuō)的電話邀請(qǐng)他們到自己的家里來(lái)。原來(lái)菊右衛(wèi)門(mén)是讓小五郎來(lái)看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉(cāng)庫(kù)拿新作的時(shí)候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會(huì)中土屋益子也因?yàn)樽砭撇黄鸲槐Щ亓朔块g中。但在第二天早上，從倉(cāng)庫(kù)里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過(guò)去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開(kāi)的11：0結(jié)合起來(lái)，解開(kāi)了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號(hào)的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號(hào)，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……

小五郎曾教過(guò)的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車的姐姐小惠倒車出庫(kù)的時(shí)候慘遭意外，警方一開(kāi)始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒(méi)想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。