寒假的這天柯南發(fā)燒了休息，而原本約定好的在步美家的紙牌游戲也沒有辦法參加。就在和步美通電話時(shí)忽然有個(gè)叫做正南的小男孩說有陌生人闖進(jìn)家中敲開了步美家的門，但之后他的父母便過來把他帶走了。看似小孩子的惡作劇但柯南卻發(fā)現(xiàn)其實(shí)他們不是真的父母，正南可能真的面臨危險(xiǎn)！于是少年偵探團(tuán)的各位來到正南的家里一探究竟。

在靜岡縣寫小說的推理作家海棠千賀小姐招待毛利小五郎來她住的別墅，希望小五郎分享關(guān)于名偵探的辦案經(jīng)驗(yàn)，沒想到見面后卻沒有要聽小五郎分享的意思，而是一直在說自家人內(nèi)部的矛盾。次日早上醒來的柯南等人發(fā)現(xiàn)海棠一家還沒起床，再到臥室后才發(fā)現(xiàn)海棠夫婦以及海棠小姐的徒弟幸子小姐全部都被毒殺。

柯南以工藤新一的身份聯(lián)系沢栗熏，并讓他拍照傳送這三位嫌疑犯的簽名書，期間，新一得知了沢栗熏的外號(hào)鶯鳥并推敲出了沢栗未紅取綽號(hào)的規(guī)則，根據(jù)死者生前在SNS留下的信息，新一知道了兇手是誰，但他卻無法冒著犧牲兩條人命的風(fēng)險(xiǎn)揭露真相，所幸警方的狙擊手已經(jīng)就緒，然而，小蘭卻做出了讓人吃驚的舉動(dòng)……

照經(jīng)營管理出租公寓的桐谷貴江婆婆的說法，小五郎每個(gè)禮拜都會(huì)到她家里幫忙解決難題，對(duì)此感到難以置信的小蘭和柯南一起來到了桐谷婆婆家里等待，而出現(xiàn)的卻是自稱婆婆孫女男友的恩田，而他特地打扮成小五郎的目的只是為了探望婆婆的情況。婆婆管理的出租公寓內(nèi)傳來了慘叫，作為房客的傅川先生被害，而真正的兇手就在發(fā)現(xiàn)尸體的三個(gè)房客之中。

洋房的主人傳了封群組訊息集合所有的兄弟姐妹，此時(shí)大家看到了浮現(xiàn)在窗邊驚悚模樣的主人，一起目擊了飛翔在天空中的怪物，隨后他們還發(fā)現(xiàn)了次男的尸體，案件愈發(fā)的破朔迷離。這起靈異的命案和之前洋房主人未婚妻的事故有著千絲萬縷的關(guān)系，而策劃那起事故的正是兄弟姐妹中的某人。