妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時(shí)，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時(shí)候，遇見了一個讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長發(fā)生爭執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開這種不愉快的氛圍時(shí)，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個曾與死者有過節(jié)的人成為了首要懷疑對象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤子？

為了讓扭傷腳的柯南療養(yǎng)腳傷，大伙兒一起來到城崎溫泉，然而，小蘭卻突然失蹤，柯南從光彥他們所拍的照片上看到小蘭和一個小女孩在一起，同時(shí)照片上還出現(xiàn)了一個行蹤可疑的男人。這時(shí)，柯南他們遇到了服部，他受人委托前來找一個叫陽菜的女孩，而她正是和小蘭在一起的那個孩子。據(jù)陽菜的父親周平所說，在陽菜失蹤的同時(shí)他美術(shù)館里的展品彩虹之子也不翼而飛。就在大家四處進(jìn)行尋找時(shí)，陽菜和小蘭遇到了危險(xiǎn)。

為了出席宴會，小五郎來到一家理發(fā)店刮胡子，這里除了店長還有一名正在敷臉的客人，就在小五郎享受敷臉的時(shí)候，店內(nèi)突然發(fā)生巨響，他和那位客人拿掉毛巾后，發(fā)現(xiàn)店長已經(jīng)橫尸躺在了地上，在尸體的旁邊有一個假發(fā)和飛鏢，根據(jù)這些警方將嫌疑犯鎖定在飛鏢愛好會中的三名成員，而且三個人都有犯罪的動機(jī)，這時(shí)，步美提供了重要的證詞，柯南也發(fā)現(xiàn)了事情的真相，沒錯，兇手就是他！

某天小五郎突然接到了出演節(jié)目的邀請，而帶著小五郎和柯南來到電視臺休息室的小五郎卻沒有見到作為答題嘉賓的洋子小姐。在拜訪堺校長的時(shí)候小五郎他們遇到了同樣來找堺校長的君島。君島帶來了自己的清朝瓷器藏品來希望能夠讓本間老師來鑒定。而就在彩排時(shí)君島突然發(fā)現(xiàn)自己的藏品不見了！而柯南則推理出犯人仍然將花瓶留在電視臺！