備受期待的黑色玫瑰演唱會(huì)即將開始，因?yàn)殚T票而卷入麻煩的園子又遇到了錯(cuò)怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價(jià)拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對象，但當(dāng)他們前去詢問時(shí)才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場卻讓柯南感覺到了強(qiáng)烈的違和感。

急著跑進(jìn)偵探事務(wù)所的千葉警官拜托小五郎找人，與他在咖啡館相識的美緒小姐最近遭到了恐嚇，從廁所回來的千葉警官得知美緒小姐似乎遇到了什么事而逃回家中，四處尋找拿錯(cuò)雨傘的美緒小姐時(shí)千葉警官又遭到了不明車子的襲擊。正在和小五郎他們四處尋找美緒的千葉接到了通報(bào)，而卷入殺人事件中的年輕小姐便是美緒。

圍繞著由推理游戲急轉(zhuǎn)成的殺人事件，柯南在詢問過車內(nèi)有嫌疑的人后漸漸有了線索，事件背后的兇手終于露出了馬腳，正在他上演推理秀時(shí)卻有其他的事情發(fā)生。單獨(dú)出去的小哀至今未歸，而世良真純也被神秘人物電暈帶走，但這個(gè)車上還藏著不一般的人物，最后誰是贏家現(xiàn)在還沒有定論。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

少年偵探團(tuán)在幫助真央尋找小狗的時(shí)候遇到了千葉和高木，偽裝成小五郎聲音的柯南從目暮警官哪里得知了發(fā)生的事件，中午左右的兩起爆炸事件的嫌犯已經(jīng)抓住，但裝有最后一枚炸彈的狐貍宅便車卻被毫不知情的劫犯搶走，而真央的小狗正是在這個(gè)被劫走的車?yán)铩榱朔乐挂馔庠俅伟l(fā)生，柯南帶領(lǐng)著少年偵探團(tuán)們一起尋找車子的下落。