警察局的小五郎案件調查被盜。迷般的黑色神秘組織也許就在附近。柯南懷疑杯戶市酒店也許還有皮斯克的同伴，收集情報的美國女演員克麗絲。同時柯南與平次為刺探可疑的外國女性、英語教師朱蒂的情報，一起去朱蒂的家里。就在這時從公寓上有名男性墜樓。就在暮目警官準備以自殺事件結案的時候平次指出了他殺的證據。

白鳥警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒有當場死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風格的挑戰(zhàn)書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產生了誤會，而導致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報復警察。

警察在調查玲治、拓人、晴華的時候，柯南發(fā)現(xiàn)野營車的敞篷車頂黏著血跡，之后柯南在現(xiàn)場附近找到了帶血的塑料布，雖然查明殺人的詭計卻沒有辦法確定犯人是誰。而在觀察三名嫌疑人之后柯南最終確定了犯人。而在確鑿的證據面前，兇手最終承認了罪行，并道出了因為不滿以金錢玷污了友情的泰美而最終殺害她的事實。

從現(xiàn)場調查回來以后，柯南已經知道了兇手的犯案手法并且還找到了決定性的證據，萬事俱備，柯南用花言巧語讓小五郎做了特別辯護人，開庭前柯南還在妃英理面前重現(xiàn)殺人手法。妃英理和九條的對戰(zhàn)再度打響，柯南本想讓小五郎自己發(fā)揮，可他卻越幫越忙，于是，柯南以慣用手法將他麻醉，在法庭上揭露真兇。

與黑色組織面對面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會剛開始，船長就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對工作人員進行詢問之后，小五郎認為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時，和小五郎同組的隱形人獨自一人展開了調查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……