一名老護(hù)士告訴柯南，她以前見過(guò)英祐并且在他小的時(shí)候還因白血病做過(guò)手術(shù)。另一方面，得知杯戶中央醫(yī)院被黑暗組織入侵后，柯南和FBI立刻對(duì)醫(yī)院的病人進(jìn)行了排查，其中最具嫌疑的有三個(gè)人，為找出那個(gè)在醫(yī)院調(diào)查水無(wú)憐奈的人，柯南想出了一條妙計(jì)，他直接與這三個(gè)嫌疑者接觸，最終將目標(biāo)鎖定，在接下來(lái)的行動(dòng)中，柯南和FBI又能得到什么樣的線索？

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過(guò)程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過(guò)其他手段將搜集來(lái)的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無(wú)疑就是在向黑暗組織昭示水無(wú)憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無(wú)憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。

死者鍛吾是被人捆綁溺斃在泳池中而死，他的一只手上還戴有前管家的手套，作為父親的角藏認(rèn)為兇手就是這棟宅邸中的某個(gè)人，聞聽此言，小五郎便做出不可能是家人犯案的結(jié)論，可是當(dāng)晚，角藏的房間里就傳出花瓶摔碎的聲音，當(dāng)大家趕到時(shí)，角藏已上吊身亡，在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)高木警官發(fā)現(xiàn)疑似角藏所留下的死亡訊息。

放課后，小林老師神神秘秘的讓同學(xué)們都離開教室，待大家午餐完畢返回教室，卻發(fā)現(xiàn)黑板上留有一張“怪人二百面相”的字條，柯南一眼就看穿了這個(gè)江戶川亂步迷老師的意圖，之后，同學(xué)們又紛紛從自己的抽屜里找到了數(shù)字和篩子的圖紙，柯南輕松看出暗號(hào)的所指，就在他要揭秘時(shí)卻被廣播叫走，解謎的重任就交給了1年B班所有同學(xué)，沒有柯南的幫助，他們能否解開暗號(hào)找到老師呢？

柯南在和阿笠博士，步美等人一起去酒店吃自助餐的時(shí)候，將事情的來(lái)龍去脈全部告訴了灰原，沒過(guò)一會(huì)兒，高木警官趕來(lái)辦案，柯南詢問(wèn)后得知這家酒店里的一家藝人事務(wù)所社長(zhǎng)被人槍殺，在他的提醒下，警察抓到了三名有嫌疑作案的人，而其中一名竟然是FBI的搜查官卡梅隆，因?yàn)椴荒鼙┞渡矸荩运邮軅捎崟r(shí)支支吾吾的表現(xiàn)更顯可疑，于是，柯南打電話給茱蒂老師讓她前來(lái)解圍。