小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤(pán)。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問(wèn)阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請(qǐng)卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車(chē)上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開(kāi)。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車(chē)路線基本相同的花之街線列車(chē)上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車(chē)上游走殺人的？

大名鼎鼎的巽律師找小五郎來(lái)酒店談事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的證據(jù)。晚上，小五郎等人經(jīng)過(guò)巽律師家時(shí)，看到有好多警察，原來(lái)是巽太太被人謀殺，柯南在現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了訂書(shū)針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發(fā)生時(shí)他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場(chǎng)證明，柯南決定重回酒店開(kāi)始調(diào)查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書(shū)針，將這些串在一起，真相只有一個(gè)。

柯南隨小五郎參加「名偵探小五郎推理公館」電玩游戲的發(fā)布會(huì)時(shí)，碰到了游戲制作公司滿天堂的三名員工中島、上田和竹下，三人慌亂的存放行李后，趕往會(huì)場(chǎng)，期間，柯南偶然聽(tīng)到一高大黑衣男子的通話，并從中得知此人和黑衣組織有關(guān)，可還沒(méi)能得到更多的信息，黑衣人就被炸死，一番推理后，柯南發(fā)現(xiàn)這是意料之外的殺人事件，柯南能否得到更多的關(guān)于黑衣組織的線索？

小五郎帶小蘭和柯南看上山看櫻花時(shí)，因?yàn)槊月泛捅ケ焕г谏缴希@時(shí)又下起了雨，他們找到了一家寺院投宿，這里除了主持以外還有四個(gè)修行僧寬念、屯念、木念、秀念，在交談中，柯南等人模糊的知道了下雨天霧天狗殺人的傳說(shuō)。第二天，寬念在修行的房間發(fā)現(xiàn)了主持被吊在房梁上的尸體，而同樣的事情曾在兩年前也發(fā)生過(guò)。