小蘭和柯南在毛利小五郎的錢包里，發(fā)現(xiàn)里面有5萬日元的項(xiàng)鏈?zhǔn)論?jù)，那好像是要送給十月十日小蘭的媽媽妃英里的生日禮物，小蘭得知這件事以后發(fā)揮驚人的手氣抽到飯店住宿卷，他們一起來到海兵飯店，享受一頓豪華的晚餐，但是小五郎絲毫沒有要送出禮物的意思，喝的爛醉后睡著了，于是妃律師一氣之下回到自己的房間，小蘭想在生日結(jié)束前讓小五郎送出禮物，當(dāng)我們進(jìn)入房間時(shí)，發(fā)現(xiàn)了尸體，那是受到跟蹤狂騷擾的國芬秋穗女士，而且妃律師回到房間時(shí)斌沒有看到尸體，是在她洗澡后不知道從什么地方冒出來的，應(yīng)該是兇手移動(dòng)了床的位置并跟尸體藏在床的下面，于是他們和橫溝警官一起對(duì)住在這所飯店的跟秋穗女士有關(guān)系的人詢問當(dāng)時(shí)的情況。

柯南認(rèn)為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調(diào)查，與此同時(shí)，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當(dāng)他趕到與浦生良造初次見面的餐館時(shí)碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關(guān)鍵性的證據(jù)被暗中襲來的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰，面對(duì)真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

簡單問過案情之后，小五郎隨警方來到案發(fā)的二樓進(jìn)行查看，根據(jù)死者頭部的槍傷，推斷出兇手的身高應(yīng)該在在180cm左右，雖然船本先生有嫌疑但卻低于死者，種種推斷都否決了船本殺人的可能，然而，柯南卻在他輪椅上發(fā)現(xiàn)了蔥，沒錯(cuò)，兇手就是他，可是他到底是如何犯案？消失的珍珠項(xiàng)鏈又被如何處理了？

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

當(dāng)晚，這名潛入醫(yī)院的黑暗組織同伙南田陸道果然展開了行動(dòng)，但同時(shí)FBI也暴露了行動(dòng)，南田陸道在驅(qū)車逃跑的過程中舉槍自盡，雖然柯南破壞了他的手機(jī)但他還是通過其他手段將搜集來的信息傳給了組織。既然事情發(fā)展到這種地步，轉(zhuǎn)院無疑就是在向黑暗組織昭示水無憐奈就在這里，所以只能另想對(duì)策。另一方面，英祐伺機(jī)潛入了水無憐奈的病房，并發(fā)現(xiàn)她早已從昏迷中蘇醒。