女性實(shí)業(yè)家兒島郁子在家中被殺，死的時(shí)候她身著睡衣臉?lè)竺婺ぃ谶@個(gè)案件中有三名嫌疑人，TM證券營(yíng)業(yè)所的警衛(wèi)泉、死者的女兒千尋以及尸體發(fā)現(xiàn)者吉岡，他們都曾在死者生前與她見(jiàn)面，泉可以暫時(shí)排除嫌疑，因?yàn)榘赴l(fā)時(shí)他正好碰見(jiàn)小五郎，可千尋卻說(shuō)他有殺人動(dòng)機(jī)，三名嫌疑人陷入了互相揭露動(dòng)機(jī)之中，「兇手的指針」在他們?nèi)伺腔玻烧嫦嘀挥幸粋€(gè)。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開(kāi)。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

為找到更多的線索，柯南和服部對(duì)長(zhǎng)門家的門衛(wèi)和廚師等人逐一進(jìn)行詢問(wèn)，并且在對(duì)個(gè)個(gè)房間的搜查中，找到了女仆口中的床單，而且根據(jù)秀臣房間的電話留言，兩人重新推斷出了秀臣的死亡時(shí)間，一切準(zhǔn)備就緒，服部叫來(lái)目暮警官，重現(xiàn)當(dāng)時(shí)犯案的場(chǎng)景，兇手就是那個(gè)人，但逼死兇手絕不是一個(gè)偵探想要的結(jié)果。

少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹(shù)找貓的時(shí)候，無(wú)意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來(lái)警察調(diào)查，開(kāi)門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見(jiàn)了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺(jué)讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過(guò)一天的搜查，警察無(wú)獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

小五郎帶著小蘭等人去京都參朋友的婚禮，在新干線上柯南看見(jiàn)了兩名可疑黑衣男子，他利用阿笠博士送他的眼鏡竊聽(tīng)到了不得了的事情——這輛新干線上有炸彈并且即將爆炸，眼看黑衣人離開(kāi)新干線，柯南只能憑自己找到那只裝有炸彈的黑皮箱，鎖定了炸彈所在的車廂后，柯南對(duì)車廂里的四人進(jìn)行試探，卻毫無(wú)頭緒，關(guān)鍵時(shí)刻元太的一句話提醒了他。