柯南他們一行人前往亂舞璃神社的酉日集市，沒想到園子的背包竟然被頭戴火男面具的酉之男搶走。在他們第三酉日來到亂舞璃神社時，酉之男再次出現(xiàn)并刺傷復(fù)讀生益子士郎，益子昏迷前說“不是酉是猴子”并比劃出數(shù)字九，可這到底是什么意思？之后，警方在酉之男藏身的公園廁所里發(fā)現(xiàn)了三名男子火野辰男、猿川久巳、水江申次，同時還在小蘭的錢包里發(fā)現(xiàn)了一粒紐扣，當(dāng)?shù)弥@是酉之男的紐扣后，警方對三人展開了搜查……

遭到魔犬追擊的和葉和小蘭趕緊跑到屋里躲起來，沒過一會，魔犬就消失了蹤影只留下一串火腳印，以此同時，從佐紀(jì)案發(fā)現(xiàn)場找到玻璃球的柯南等人也趕來宅邸，據(jù)和葉和小蘭回憶她們當(dāng)時不僅聞到了洋蔥味還看到腳印在跳動，這時，養(yǎng)子知晃說起了美我子溺斃沼澤旁邊的奇怪小木屋，于是，一行人又前往沼澤進(jìn)行查看，沒想到魔犬再次出現(xiàn)。

妖怪倉庫是把貴重的物品放進(jìn)里面就會立刻消失的倉庫，少年偵探團(tuán)為了弄清真相決定一探究竟，元太他們?yōu)榱俗尶履下冻鰺o話可說的表情而干勁滿滿。在調(diào)查了倉庫內(nèi)部之后，柯南只看到了地板上留下的零星腳印和嵌在墻上的大算盤，除此之外別無他物。但從外面的天窗向里面看的話，就能看到堆積如山的寶物，可意外的是當(dāng)再次打開倉庫的門時，里面的寶物就全都消失不見，柯南提出的天花板和地板機(jī)關(guān)的猜想被光彥等人否認(rèn)，難道妖怪倉庫真的存在？

警察并沒有在三個嫌疑人的家中發(fā)現(xiàn)有同款紐扣的衣服，而且在三天的酉日集市期間，他們都有無法連續(xù)犯案的證明，這時有消息說被害人益子蘇醒，然而他卻表示自己完全不記得在昏倒前所留下的線索。因?yàn)檎莆詹坏酱_實(shí)的證據(jù)，警察只好讓嫌疑人先行離開，柯南推理遭遇瓶頸，這時，小蘭、園子和小五郎的談話給了他啟示，兇手就是那個人！

小五郎受東山先生之邀來到獵戶座企劃公司，沒想到在這里打電話聯(lián)系東山先生的時候，竟然看到窗外有人墜樓而亡，警方立刻介入調(diào)查，死者名叫高幡，同是這家公司的職員，而當(dāng)時在公司的只有東山和另一名職員砂川七惠，但東山卻有充分的不在場證明。之后，隨警方來到高幡辦公室的柯南在這里發(fā)現(xiàn)了一些關(guān)鍵線索，即使案件多么錯綜復(fù)雜但真相只有一個！