接受汀小姐的邀請小五郎一行人來到了大濱海岸，在汀小姐的家里小五郎等人遇到了她的丈夫海四郎，兩人因為沖浪的事情起了爭執。傍晚海四郎找到小五郎等人表示汀小姐不見了，看到汀小姐發來的短訊后海四郎先行回到家中，而第二天早上小五郎等人卻在海灘上發現了汀小姐的尸體，而她的尸體旁邊卻沒有留下任何足跡。

泡沫、熱氣和煙的實驗與室溫并沒有關系，在聽到三人單獨的問話后柯南鎖定了兇手。再次來到公寓的柯南又實施了實驗，事發時吵鬧不停的鬧鐘和他們到達案發現場的時間成為了案件的突破口，而柯南也明白了制造出不在場證明假象的手法，案件的真相終于揭曉，而在真相的背后又隱藏著不為人知的悲劇。

以幕末的長崎為舞臺，有坂本龍馬擔任的偵探而活躍的推理劇，正在負責寫腳本的編劇家耕作先生突然消失蹤影，只寫了一半的劇本則委托小五郎先生幫忙推理出劇中的真正犯人，調查了耕作房間的柯南等人發現了許多古董美術品竊盜團的簡報，這一切似乎都有著隱情。失蹤中的耕作先生利用郵件將后續的劇本傳送過來，在劇本中出現了奇怪的臺詞。

小五郎一大早便被少年偵探團纏上，他們委托小五郎調查的案件是米花町活動中心的花圃破壞事件，而在調查過程中與山崎小姐發生爭執的花店老板奧田態度非常惡劣，因為小咲小姐的緣故小五郎決定介入調查。當眾人晚上再次來到活動中心時花圃已經遭到了破壞，在破壞的花圃旁還看見了山崎小姐的尸體，奧田被當場抓住，但事件的真相到底是什么呢？

巧克力甜點師辻元先生在世界大賽上獲獎的巧克力讓小蘭和園子非常期待，而辻元和他的美女店鋪設計師真悠子小姐的浪漫愛情也讓很多人憧憬。鈴木財團的協助讓辻元的店鋪將在明天開業，而園子和小蘭則是這個店鋪的第一組客人，在辻元展示自己獲獎的作品時發生了意外，這并不是一起普通的事故，柯南已經看出被烈焰所包裹的巧克力背后的隱情。