毛利小五郎受久須美工械廠社長的委托，調查工廠零部件被偷的案件，為了不引起職員的警惕，柯南和小蘭也一同隨行假裝參觀。在對職員們暗中調查后，行為怪異的谷崎成為毛利小五郎的懷疑對象，三人計劃在倉庫抓住罪犯的現行，不料卻發現谷崎死在了反鎖的房間里。正當案件一籌莫展時，谷崎生前研究的老鼠機器人引起了柯南的注意。

唐三帶著小舞急匆匆趕回學苑，準備參加下午的魂師會長競選大會，小舞信心滿滿，沒想到競選大會早已經結束了，蕭塵宇仗著人多勢眾當選了魂師會會長，還給附課生準備了一份課程表，上午干活，下午還要工作，不但沒有時間上課，就連魂力訓練也不能參加，根本不可能提升武魂，蕭塵宇擺明就是針對唐三和小舞，王圣忍不住替唐三打抱不平，勸他們倆趁早逃走，因為諾丁城和學苑都是蕭氏家族的。唐三無意中發現城主府的魂師凌風派人抬著一個笨重的鐵籠子來到學苑，柳龍把他們帶到后院一間空房子里。唐三滿腹疑慮，就用意念召喚藍銀草，想進去一看究竟，可唐三連試了幾次都不成功，他穩定心神讓自己靜下心來，藍銀草越長越大，他借助藤蔓爬上房頂，看到鐵籠子里是一只幽冥狼，那是凌風抓來的，蕭塵宇拔劍殺死了這只狼，鐵籠子上方出現一圈白色的魂環，蕭塵宇把魂環緊緊握在手心里，他瞬間成為真正的魂師，揚言要和唐三決一死戰。唐三連夜去找玉小剛請教，玉小剛勸他趁早放棄，蕭塵宇想要的是小舞，唐三不服氣，玉小剛答應幫他獲得魂環，讓他今晚準時來見面。深夜時分，唐三看到小舞已經熟睡，就匆匆趕來見玉小剛，玉小剛要帶他去獵獸森林打魂獸得魂環，可是需要武魂殿的通關手令才能進森

早上，米小圈父親和媽媽商量老家一個親戚二叔病了，他身邊無兒無女生活非常不方便，媽媽同情地說可以接來照顧幾天，媽媽這句話正中爸爸下懷，他立刻去收拾雜物室，看到爸爸這么積極，媽媽知道又上當了。姜小牙給米小圈看自己新得到的自行車，米小圈羨慕得不行，姜小牙說這輛自行車是他爺爺送的，另一個同學鐵頭也說他爺爺為他買了一個大榴蓮，可好吃了，米小圈又羨慕得不行，什么時候他爺爺也能送這么多禮物啊！終于下午回到家，米小圈看到二大爺回來了，他興奮地將二爺爺接到自己臥室住，看著兒子如此善解人意，米小圈的父親非常高興，覺得孩子終于能夠尊老愛幼了，母親不以為然，她覺得米小圈心里一定又在打什么壞主意。果真晚上，米小圈給爺爺錘完腿后，故意指著電視上的兒童自行車，問爺爺知不知道他缺什么，爺爺點點頭，第二天，爺爺在學校附近無意中看到孫子羨慕地摸著別的同學的自行車，被同學無情嘲笑，他拉著孫子說回來爺爺也給你買一輛。爺爺的話讓米小圈無比高興，激動地一下午耳朵都嗡嗡直響，到了晚上，天色很晚了，米小圈一臉憧憬地來到樓下等著看爺爺給他買的自行車，等了好久，等到花都謝了，終于看到了爺爺的影子，米小圈興奮地跑上前問爺爺新自行車在哪里？

佐藤警官開始調查兇殺案的現場，她盤問過從旁邊廁所出來的三人，但三人都有不在場的證明。小蘭借口要去洗手間，獨自一人跑到比賽場館內開始進行調查。之后平次的對手沖田總司發現了一個可疑之處，兇手穿著的護具和道服都沾上了血跡，袴的正面卻沒有一絲血跡，背面卻被濺上了血。在現場的那位失明老人也想起了案發時他曾聽到有人用關西腔打電話，平次憑借這些信息大概掌握了兇殺案的真相。"

根據圖畫書中的線索，柯南等人得知還有其他炸彈存在。目暮警官馬上出動全體警力前去搜查，不料卻發現其余的炸彈都只是爆炸犯捉弄警方的惡作劇，而真正的炸彈早已按照計劃在指定地點爆炸。正當調查一籌莫展時，目暮警官突然接到匿名電話報警，稱自己發現了爆炸犯的藏身之處。而正當眾人趕往此地時，據稱是犯人居住的地方卻再一次發生了爆炸……