柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發抖，并在茱蒂老師詢問灰原身份時，對柯南發出暗示，柯南突然意識到可能有黑衣組織的人在車上，然而當務之急是找出歹徒的同伙，當公車駛入隧道時，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準備帶走一名人質以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計劃，他指揮少年偵探隊做好準備，在公車出隧道的一瞬間采取行動……

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調查與警方發生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有沖突。此時村長船木出現并提出委托費為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進入神社的蘭的尖叫聲！？

旅館主人紫郎和弟弟金次迎接了來到“痊愈的森林”的柯南一行人，途中，柯南他們遇到了兄弟倆的父親龍藏，龍藏的蠻不講理讓柯南他們吃驚不小，但因牛奶投遞員藍子的出現，氣氛緩和許多。但就在幾小時后，龍藏在自己家被人殺害了。在調查現場后柯南找出了殺害龍藏的兇手，其實就是自己的親人，因為得不到父親贊同和支持而疼下殺手。

小蘭抽空和園子一起去上陶藝課，柯南暗中尾隨但被人發現，之后便和小蘭她們一起做陶藝，這間陶藝教室除了擔任講師的美濃先生還有他的助手笠間菊代，這時，美濃的女婿素夫剛好回來，沒有想到在他回來沒有多久竟然不見了，最后大家在倉庫內發現了被人用領帶勒死的素夫的尸體。

倫太郎家的餐廳來了一個叫龜倉雄二的人，在他以報恩為目的來到這里之后，倫太郎家原本的冷清的餐廳因龜倉的努力而漸漸生意興隆起來，可倫太郎總覺得事情沒那么簡單，便拜托少年偵探隊進行調查。龜倉以想菜單為由總把自己關在屋子里，這讓柯南等人覺得很可疑，這時，光彥想到了福爾摩斯里的紅番聯盟案件，于是大家便以這個案件為參考展開了調查，柯南認為光彥等人的推理都不可靠，然而事情的真相卻將柯南狠狠打擊了一番。