天來到公園驚醒樂隊指揮訓練的步美總是會遇到一個奇怪的人，這天在少年偵探團的各位陪同下步美又一次遇到這個醉酒的跟蹤狂。第二天當她們再次來到這里時卻發現這個叫做與田的男人的尸體！看似是醉酒事故，但在詢問了死者的同事之后得知死者恐高的事實。最終在調查現場后柯南確定了此次是殺人事件并找出了兇手的真實身份。

資產家片寄王三郎在家中中毒身亡，而片寄留下了一封暗號信來提示自己的財產所在地。中北無意的話點醒了柯南，而就在這時犧牲者再一次出現！這次是野笛小姐被箭射中中毒身亡，而在附近的樹屋找到了弓，而愛好弓的荻人成了頭號嫌疑人但就在這時卻傳來荻人墜崖的消息。最終在柯南的推理下找出了犯人，而一場遺產爭奪戰也浮出水面。

日賣電視臺的特別節目《全國小島先生選手權大賽》即將開始，冠軍將會贏得一千萬元的獎金和一幅價值不菲的水墨畫軸，幸運的是元太的父親經過層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開始之前，主辦者小島權作不知被誰推下了樓梯因而導致死亡，其中能夠使用這個樓梯的人就只有進入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問題的關鍵是到底誰才是元太的爸爸？

根據巖石上的暗號以及死者潛水表上刻意抹去的字，步美、光彥和元太三人展開了討論，雖然沒有揭示出這些信息的含義但柯南和沖矢昴卻從他們那里得到了啟示，就在與死者一起潛水的三個同伴吵鬧著要離開一角巖時，警察卻在柯南的提醒下找到了殺人犯，沒想到兇手竟然以步美為人質想要逃脫抓捕，所幸沖矢昴出手相救，然而這個成為大家英雄的人卻總給灰原一種無形的壓迫感。

來到倫敦的柯南不小心以新一的身份向小蘭暴露在倫敦的事實，而此時柯南喝下了回國用的解毒劑暫時以新一的身份出現！在繼續調查的過程中小蘭從以前新一說過的話中得到啟發發現了人偶的秘密。而之后通過與新一電話中發現了更多的線索。這時小蘭和小五郎碰到了米奈芭小姐，在米奈芭和弟弟阿波羅的協助下小蘭留在教堂的紙片，而上面寫著的就是接下來的線索。