園子的次郎吉叔祖父要舉辦龍馬展，而怪盜基德則發出了預告狀。但奇怪的是這次基德發出的是歸還物品的預告狀！而從叔祖父那里園子他們了解到這次次郎吉只是借出了博物館場地，而展覽的主辦發則是樽見。為了對抗基德，幾次郎在展覽場地安排了特別“基德歸還處”就在眾人在處處提防怪盜基德的時候柯南發覺了基德指定的日期是雨天。但基德的用意究竟何在？

這天小五郎帶著柯南和小南外吃吃飯，回家的途中遇到故意向須坂和中北的汽車，柯南用自己的充氣足球阻止了再次撞向兩人的汽車。作為答謝片寄邀請小五郎一行來到家里，而小五郎他們在門口碰到了發生口角的野笛和荻人。柯南和中北一起在院子里玩耍時發現倒地身亡的片寄爺爺！而在調查過程中須坂拿出了老爺讓保管的鑰匙，而盒子里留下的卻是一封暗號信。

為了消除基德偽裝成他人的可能，少年偵探團分別承擔起了看守四個臺座的重任，就在這時，屋內突然停電，只能聽見電流嗞嗞的聲音以及窗外吹進的風的呼呼聲，屋內很快恢復了光亮，但大家發現在這短短的一分鐘內，基德不動聲響的將柯南電暈打開中間的立柱盜走了麒麟角，灰原發現這四個臺座分別代表了四神獸，這或許與三水吉右衛門刻在柱子上的話相關，在沒有柯南的幫助下，少年偵探團能否找到被盜的麒麟角？

日賣電視臺的特別節目《全國小島先生選手權大賽》即將開始，冠軍將會贏得一千萬元的獎金和一幅價值不菲的水墨畫軸，幸運的是元太的父親經過層層篩選獲得了參加決賽的資格，然而，就在比賽開始之前，主辦者小島權作不知被誰推下了樓梯因而導致死亡，其中能夠使用這個樓梯的人就只有進入決賽的三名小島先生，元太的父親也成為了嫌疑人之一，問題的關鍵是到底誰才是元太的爸爸？

小五郎受邀來到Nijimura品牌店，卻正好目擊社長仁地村被人綁架的畫面。社長的妻子兼副社長沙希，按照綁架犯的要求帶著一億贖金搭電車解救人質，就在電車開往中戶呂鐵橋的時候，沙希按照指示將包包從窗戶丟到河里，而此刻正趕上泄洪，包包隨著增加的河水被沖走，待警方在五公里外的河岸發現時，贖金已經被犯人拿走，而社長仁地村也被殺害。雖然事情已經結束，但柯南和小五郎卻重返現場進行調查，并發現……