柯南并沒有從步美找到的照片中發(fā)現(xiàn)重要的線索，便將破案的關(guān)鍵再次鎖定日記，仔細(xì)反復(fù)查看之后，柯南發(fā)現(xiàn)了其中的端倪，于是，他再次來到琴房確認(rèn)自己的發(fā)現(xiàn)，沒想到步美等人放在門口的背包不翼而飛，而且大家還注意到了鋼琴旁邊凳子的變化，一切如柯南所料，他讓步美、元太和光彥等人高唱歡快的歌曲，果然將躲在黑暗中悄悄觀察他們的人揪了出來。

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因為腳底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當(dāng)大伙兒再次來到菜園進行現(xiàn)場調(diào)查時，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關(guān)鍵線索。

阿笠博士帶柯南他們一起去吃回轉(zhuǎn)壽司的時候，遇見了一個讓人反感的客人我妻，他不僅挖苦元太和周遭的客人，而且還與這里的店長發(fā)生爭執(zhí)，當(dāng)柯南他們準(zhǔn)備離開這種不愉快的氛圍時，我妻突然十分痛苦的倒地不起，柯南立刻判斷出他是被人毒殺，有三個曾與死者有過節(jié)的人成為了首要懷疑對象，然而警察并未從他們身上到隱藏的毒藥，兇手到底是誰？他又是如何讓我妻拿到沾有毒藥的盤子？

看過澤南留下的死亡訊息后，柯南知道了兇手的真面目，但是在揭發(fā)真相之前必須要破解這兩個密室殺人的手法，于是，他獨自來到比良坂的死亡現(xiàn)場進行調(diào)查，并在這個房間內(nèi)的花瓶上發(fā)現(xiàn)了海報碎片，這條關(guān)鍵的線索讓他恍然大悟，原來兇手制造密室所利用的工具竟是海報，為了說明真相，他拜托高木和千葉警官場景重現(xiàn)，當(dāng)然，兇手就是那個人！

解決了暗號事件回到日本的柯南終于恢復(fù)了正常的生活，在放學(xué)回家的路上元太提議大家進入即將拆遷的大樓內(nèi)來玩捉迷藏。就在這時元太發(fā)現(xiàn)有奇怪的敲打墻壁的聲音，柯南發(fā)現(xiàn)這是有人發(fā)出的求救聲音，就在他們在搜尋的過程中發(fā)現(xiàn)了在檢查大樓的兩個工人。兩人告訴柯南他們那是他們發(fā)出的響聲不用在意但在柯南的推理下少年偵探團們開始尋找被困的人，就在這時之前的檢查工人卻抓住了小哀，究竟應(yīng)該這應(yīng)該辦！