柯南等人在警視廳鑒證連續(xù)發(fā)火現(xiàn)場(chǎng)遺留的紅馬現(xiàn)場(chǎng)照片，發(fā)現(xiàn)其中1張紅馬上有“兔”字，由此推出“紅馬”是三國(guó)志中出現(xiàn)的赤兔馬。另一方面，古董品店長(zhǎng)玄田隆德到訪諸角宅，由于他打算送給諸角亮子的塑像是騎乘著赤兔馬的關(guān)羽，玄田的名字引起了搜查線上的注意。在一系列的推理調(diào)查之后玄田被捕了，但柯南和平次卻發(fā)覺(jué)了這其中的異樣。最終在柯南和平次的聯(lián)手調(diào)查下犯人的真面目慢慢浮出水面。

小五郎、柯南和小蘭接受工務(wù)店社長(zhǎng)河井的款待，來(lái)到屋形船。河井包下了整艘船，加上另外一位客人山崎后，小船出港了。小船停在了米花港的中段位置，柯南他們一邊欣賞著對(duì)岸的夜景與焰火，一邊品嘗美味佳肴；而河井與山崎則在船頭釣魚(yú)。熱衷于釣魚(yú)的山崎脫去襯衫，擺出跑步的姿勢(shì)，赤腳握著釣魚(yú)竿。。煙火大會(huì)第一部結(jié)束，夜空變黑的時(shí)候發(fā)現(xiàn)倒下的河井與山崎。河井尚有意識(shí)站起，而山崎則觸電死亡。

柯南、小蘭與小五郎因車子沒(méi)油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開(kāi)宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開(kāi)始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來(lái)了電話，小蘭在電話里說(shuō)明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過(guò)便利店的廁所。但是，貨物不見(jiàn)的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

小五郎帶著小蘭和少年偵探團(tuán)的孩子們來(lái)到被稱為地球遺產(chǎn)的人造木屋的集落·鬼澤鄉(xiāng)去觀光。這個(gè)村莊里最近流傳著小孩幽靈的傳言。而到了夜里，柯南他們?yōu)榱舜_認(rèn)幽靈而出去散步的時(shí)候，步美卻和少女幽靈相遇了暈了過(guò)去！而對(duì)于步美的發(fā)現(xiàn)村子里的人卻極力否認(rèn)，到底是幽靈少女還是真有其人？