十常侍以張讓為首，均為大內近臣。董太后與何皇后為了兒子奪取皇位爾虞我詐。何進其人膽識能力手腕相當有限，不成大事。袁紹、曹操（鮑國安飾）均在何進帳下，見識具在一干人等之上，果不愧為之后一方霸主。然而，袁紹算計甚多，終不及曹操如此正氣之感。何進為除去十常侍召董卓入京。遭曹操反對。何進便諷他：“孟德乃宦官之后，故而懷有私情。”十常侍知道了何進的意圖，便告知何后，假借求饒之故，將何進騙入宮中，殺之。又虜去皇帝劉辯、陳留王劉協。曹操率兵追緝。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

佐助這次帶回來的信息并不樂觀，去過輝夜之城的他遇到了兩個強大的對手，大筒木金式與大筒木桃式，擺脫兩人的攻擊后佐助立刻趕了回來。博人準備去找父親理論的時候在門口撞見了佐助，想要打敗父親的博人打算拜佐助為師，但佐助開出的條件卻是讓他先學會螺旋丸。

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

金庫的寶石一顆不剩全被盜走，博人等人解決的事件正是白夜團用來轉移注意力的佯攻，自稱義賊的白夜團在各個村子興風作浪，但卻從來沒有留下作案痕跡。佐良娜通過金庫前冰結的鮮花推斷對方是會使用冰盾的忍者，他們通過這點著手展開了調查，掌握到白夜團的行蹤的博人一行也看到了被白夜團幫助的村民，眼前的一切讓博人不知該如何來衡量善惡。