警方從案件相關(guān)人的口中得知，一年前被害者曾在這個(gè)停車場(chǎng)撞死過一個(gè)小男孩，之所以出現(xiàn)車禍就是因?yàn)楫?dāng)時(shí)被害者穿著厚底鞋而無法及時(shí)剎車，一番追查后，柯南發(fā)現(xiàn)兇手就是……與此同時(shí)，只身在百貨公司內(nèi)的園子遭到了兇手追殺，在黑暗的百貨大樓里很難鎖定園子的位置，危機(jī)時(shí)候，目暮警官及時(shí)出現(xiàn)擋住了兇手的襲擊，但他卻因此受傷。數(shù)日后，大家一起去醫(yī)院看望目暮警官時(shí)，從松本那里得知了目暮警官的秘密。

為了救被綁架的詹姆斯，少年偵探團(tuán)努力推理他留下的“P&A”的意思。步美把自己的偵探徽章留在了詹姆斯那里使眾人得到了詹姆斯的鎖在位置。他們還得到了佐藤警官等的幫助，向犯人發(fā)起追擊。而經(jīng)過推理，柯南領(lǐng)會(huì)到詹姆斯信息原來指的是自己被綁架到假冒的警車之中。而為了確保詹姆斯的安全，柯南眾人采取了非常的營(yíng)救手段。

為陪園子買東西，柯南和小蘭來到一家百貨公司，可小五郎卻莫名奇妙的被牽扯進(jìn)目暮警官等人為引誘歹徒現(xiàn)身而設(shè)下的圈套，之后，目暮警官表示他們正在調(diào)查一起連續(xù)的毆打婦女案，柯南在這些受害人的照片中發(fā)現(xiàn)她們都是這家百貨公司客人的這一共同點(diǎn)，這時(shí)，小蘭卻在百貨公司的地下停車場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了一名女性的尸體，雖然目暮警官立刻進(jìn)行辦案，但柯南卻發(fā)現(xiàn)他與平常有所不同。

柯南和小蘭一行人受到園子的邀請(qǐng)，來到山里的度假小屋吹度山莊制作巧克力，正巧碰到了準(zhǔn)備進(jìn)入森林尋找日本野狼的新聞?dòng)浾叨搅孙h雪的時(shí)候他還沒有回來，柯南和旅店的其他客人一起進(jìn)入森林去尋找，然而找到的卻是陳尸雪地的二垣的尸體，他臉上的血跡被人擦掉，太陽眼鏡也被調(diào)整過，更奇怪的是在他的身旁還放置了亞子的巧克力。

茂木認(rèn)為小五郎是兇手而開槍將他射傷，當(dāng)前來“黃昏別館”的所有名偵探都命喪黃泉時(shí)，電腦上居然出現(xiàn)了一行關(guān)于寶藏的信息，一直躲在監(jiān)視器操控室的神秘幕后黑手終于按捺不住露出了真面目，沒想到這個(gè)人居然是……柯南引導(dǎo)她說出了整件事的真相，而這時(shí)，本應(yīng)死去的偵探們居然都出現(xiàn)在門口，可到底是怎么回事？這棟別墅的寶藏又是什么？