紀曉嵐與和聯手派人護送御醫呂長安安在回京，這對多年來的冤家對頭即使在相互合作時也不忘反唇相譏，彼此嘲謔。 從呂長安之口，眾人才知四姑娘與十四王爺乃是藥方奇案的罪魁禍首，眼前紙包不住火，陰險毒辣的十四王爺決定丟卒保車，要四姑娘刺殺紀曉嵐后再自殺，以消滅罪跡，眼見自己忠心耿耿追隨的人竟如此冷酷無情，四姑娘徹底絕望，將一劑毒藥一飲而盡。 紫禁城內，皇上召見文武百官，和得意洋洋肆意表功，紀曉嵐巧設圈套，使和、福康安挪用貢品的不義之舉和此后協助自己調查藥方密案的合作之功一一道出，搞得二人一驚一乍。 十四王爺應召入宮見駕，藥方奇案終于到了真相大白的時候。

除了災民們怨聲載道，偶遇的縣府差役也在講述官吏們的貓膩。皇上勃然大怒，差點忘了自己微服私訪的身份。 百姓祈雨，傾窠出動，紀曉嵐說服皇上當眾宣諭，免去受災地區交納皇糧的賦役。皇上悟知一路所見乃紀曉嵐刻意安排，自己不過充當了一回道具，但念其為民請命的正義，也就轉怒為喜，不以為忤了。 和車隊從旁經過，小月見地上遺有一枚青色蓮花頭飾，知是蘇姑娘之物。只是奇怪，她何以坐在和府的車隊當中。 和煞費苦心，創造種種優惠條件照顧蘇姑娘，以取悅為之動情的風流天子。紀曉嵐以和新鑿石獅違反禮制為由，向心懷鬼胎的皇上發難，皇上無言以對，只有擺出天子架子，罰他打磨石獅。 皇上欲金屋藏嬌，即被紀曉嵐拐戀抹角敲打了一番，甚是不快。小月以卿憐珠花為敲門磚，向和求見蘇姑娘，二人一見如故，情同姐妹。

軍豪不愿見到朝中大亂，黎民涂炭的悲劇出現，冒死諫阻。忠言逆耳、皇上大怒。莫愁以家國為名，表示愿放棄兒女之情，并險些喝下墮胎之藥。幸虧紀曉嵐以三寸不爛之舌，說服她靜待時日，總有一天可以破鏡重圓。皇上寧為玉碎，不愿瓦全，斷然拒絕墮胎入宮的提議，要帶莫愁奔走天涯。和與紀曉嵐難得默契合作，強行挽留住了他的腳步。 中秋佳節，皓月當空，卷帙浩樊的《四庫全書》編纂工作大功告成，皇上應邀來閱微草堂，與兩情相悅的莫愁團圓依偎在一起。和、太后先后亦登臨紀府，異口同聲要求皇上回宮。正鬧得人仰馬翻之際，莫愁突然動產，生死攸關，太后以過來人的經驗竟擔當起接生婆的工作。 小皇子呱呱落地，眾從如釋重負。等著嗷嗷待哺的孩子，太后身上的母性復蘇，破天荒地承認了這是皇家血脈，一樁延宕多日，屢經曲折的姻緣終于名正言順，成為事實。 皇恩浩蕩，軍豪恢復狀元名號與小月重修百年之好，豐紳殷德亦接受賜婚，與十八格格結為夫妻。勞苦功高的紀曉嵐，則被賜賞了一桿金煙袋，作為“尚方寶劍”。從此，天下的貪官污吏任紀曉嵐敲打，天下的不平之事由紀曉嵐主持公道……"

四姑娘與福康安等陸續趕到云間寺以探虛實，得知呂長安已于前夜奔赴黃泉。 和恐濫用貢珠一事東窗事發，主動找紀曉嵐通融，紀曉嵐一針見血，指出煉取丹藥之方來自于十四王爺之府，與毒死奶娘的藥方本是出自一人之手。和不曾料到自己取寵獻媚之舉，已被別有用心者利用，趕緊做出俯首貼耳狀，求紀曉嵐指點迷津。 在宮中頤養天年的太后接天十四王爺孝敬來的七蓮子茶十分滿意，實為十四王爺心腹的何掌柜匆匆將煉就的“回春丹”獻給和，此物與七蓮子茶同服將是一劑人死地的毒藥。 呂長安在紀曉嵐的安排下以裝死之術掩人耳木哄騙了十四王爺派來的女殺手秋風、球月，在和的協助下，紀曉嵐又導演了一出游街示眾、公開庭審的好戲，不想卻被蒙在鼓里的太后欽差--杜小月攪得熱鬧，四姑娘起了疑心，鼓動小月去京城求見太后。

乾隆、和珅以及紀曉嵐將真相告訴太后，太后賜如玉無罪。得知皇上要召自己入宮，如玉婉拒。朱公公在和珅的指使下告訴戴沾，其在獄中所寫文章均被馮姓編纂官據為已有。戴沾氣憤不已，與馮扭打在一起，失手將馮打昏。戴沾外出求救時，朱公公將馮打死，陷害是戴沾所為。和珅轉而找到如玉，答應其入宮之后即免戴沾死罪。如玉為救戴沾，答應入宮。紀曉嵐設計詐朱公公說真相，戴沾被釋放。得知如玉為救自己而嫁入宮中，戴沾不顧一切聞人宮中。太后得知真相后赦戴沾無罪。皇上也成人之美，賜戴沾、如玉成婚。內務府齊蘇圖家出殯。民工古大力因為被齊家拖欠工錢而耿耿于懷，帶領眾民工在半路突襲出殯隊伍。棺材落地，撤出一地的金銀珠寶，其中還有印有內務府字樣的國庫元寶，惟獨不見尸體。齊蘇圖伯自己私吞國庫銀兩的罪行敗露，便殺死老仆齊平假裝出葬之人。受賄于齊家的和珅在朝上將罪責推到對手順天府尹身上，責其治安不利，使死者暴尸街頭。順天府尹因為懾于和珅的yin威而承認自己失職。