發(fā)燒的小哀醒過(guò)來(lái)發(fā)現(xiàn)阿笠博士倒在了電腦之前，正當(dāng)小哀以為教授被黑衣人殺害的時(shí)候發(fā)現(xiàn)只是誤會(huì)。之后柯南，小哀和阿笠博士去拜訪了哀的父親宮野博士的朋友出島。他們認(rèn)為他可能多少知道一點(diǎn)黑暗組織的以及哀父親的行蹤，但是出島也已經(jīng)30多年沒(méi)和宮野博士碰頭了。但是就是最近宮野博士女兒明美曾來(lái)拜訪過(guò)，正當(dāng)柯南，小哀尋找明美留在這里的物品時(shí)出島卻意外死亡！

出席熊本網(wǎng)球大會(huì)的柯南他們，大會(huì)當(dāng)日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內(nèi)容判斷出小蘭現(xiàn)在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機(jī)中接收到的兩條短信的內(nèi)容后，知道內(nèi)容來(lái)自倉(cāng)庫(kù)。在救出小蘭之后眾人發(fā)現(xiàn)立川的目的。頒獎(jiǎng)典禮上立川果然當(dāng)中刺殺成增先生。在來(lái)苑子的說(shuō)服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復(fù)仇之路。

正當(dāng)小蘭她們陷入困境的時(shí)候新一卻打來(lái)了電話，小蘭在電話里說(shuō)明了現(xiàn)場(chǎng)的情況并指出有三個(gè)奇怪的客人借用過(guò)便利店的廁所。但是，貨物不見(jiàn)的那天，按規(guī)定只有七川值班。在新一的引導(dǎo)下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長(zhǎng)以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

這件兇案的最大疑點(diǎn)就是，兇手從這個(gè)亂七八糟的黑暗房間逃跑的時(shí)候，居然沒(méi)有發(fā)出任何聲響，而且門(mén)鎖也沒(méi)有被破壞的痕跡，由此看來(lái)，睡在死者身邊的穗島嫌疑最大，可穗島卻說(shuō)唐田和根上也都有這間屋子的鑰匙，于是，警方找來(lái)這二人進(jìn)行偵訊，得知案發(fā)時(shí)兩人都沒(méi)有不在場(chǎng)證明，既然如此，嫌疑犯就有三人，這時(shí)，警方發(fā)現(xiàn)死者身上少了一顆紐扣以及地上的攝影機(jī)，查看過(guò)影像大家仍未發(fā)現(xiàn)有何異常，而那顆不翼而飛的紐扣就成了破案的關(guān)鍵。

在從伊豆回來(lái)的路上，因?yàn)樾∥謇傻能?chē)子出了故障，柯南等人借住KURON健康器具公司的山莊。而此時(shí)，山莊里的3人正在新制品藥物社內(nèi)研究的關(guān)鍵時(shí)刻。第三開(kāi)發(fā)部部長(zhǎng)平松正樹(shù)的制品馬上就要被采用了，然而社長(zhǎng)梅谷四郎被刀刺傷，并平松也遭遇車(chē)禍身亡。看似事故的現(xiàn)場(chǎng)柯南卻有著不一樣的看法。