在趕來支援的FBI的幫助下，柯南他們將獨(dú)自駕駛摩托的水無包圍，然而，馬路上卻出現(xiàn)了一個(gè)撿球的小男孩，為不傷害小孩，水無出車禍?zhǔn)軅?。另一邊，今恩在水無換下的衣物里發(fā)現(xiàn)了粘在鞋底的發(fā)信器和竊聽器，便臨時(shí)決定變更目標(biāo)向米花鎮(zhèn)駛?cè)ィ履喜煊X到他們的行動(dòng)，意識(shí)到小五郎性命堪憂，也匆匆趕往米花鎮(zhèn)，而此時(shí)黑衣組織已經(jīng)瞄準(zhǔn)了小五郎……

深夜從酒館醉醺醺出來的小五郎在回家的路上差點(diǎn)被建筑鋼條砸死，回到家后又收到了一條恐嚇?biāo)亩绦牛驮谒叵肱c誰結(jié)仇的時(shí)候，小蘭發(fā)現(xiàn)這根本不是小五郎的手機(jī)，外套也是一個(gè)叫木村的，雖然被威脅的人不是自己的爸爸，但小蘭還是很擔(dān)心，在第二天調(diào)查的時(shí)候突然有一輛卡車沖向他們，所幸躲得快才沒有受傷，調(diào)查不斷深入，柯南察覺到了其中的端倪……

小蘭開始懷疑柯南的身份就是新一，拾到柯南遺落的手機(jī)的小蘭，想用發(fā)送手機(jī)郵件的方法來確認(rèn)真相。當(dāng)小蘭按下了電源開關(guān),卻出現(xiàn)手機(jī)解鎖的畫面。正當(dāng)她為解除4位密碼冥思苦想時(shí)，小蘭回想起半年前與新一的約會(huì)并解出了密碼。但發(fā)送給新一的郵件卻并沒有發(fā)送到柯南的手機(jī)上，而這時(shí)新一也打來了詢問的電話，最終小蘭打消了對(duì)柯南的懷疑。

大金和港南高中的比賽如火如荼的進(jìn)行著，坐在一旁的大龍警官看著這些在賽場(chǎng)上揮灑汗水的年輕人不禁懷念起了曾經(jīng)為棒球而努力的自己，然而這個(gè)地方有人愛自然也有人恨，這時(shí)，被人遺落在服部腳邊的手機(jī)響起，沒想到這竟然是一通恐嚇電話，這個(gè)自稱甲子園惡魔的人讓服部在比賽結(jié)束前，找到他在觀眾席留下的三支寫有線索的手機(jī)以及他自己的的位置，否則后果不堪設(shè)想，情況危急，服部，柯南和大龍警官便在這茫茫幾萬人的球場(chǎng)中展開了搜查。

在案件調(diào)查過程中小蘭對(duì)柯南的身份起疑，于是，她緊盯柯南的一舉一動(dòng)，就在她向新一的手機(jī)發(fā)送信息想要證實(shí)自己的想法時(shí)，狩谷家的門鈴再次響起，可門口卻沒有人，仆人說這種惡作劇時(shí)常發(fā)生。之后，警方又對(duì)家中的三個(gè)嫌疑人進(jìn)行偵訊，并在柯南的引導(dǎo)下推理出了事情的真相，沒想到兇手竟然與12年前的案件有關(guān)聯(lián)。