為了紀(jì)念戰(zhàn)國武將信長入主岐阜城450周年，偵探少年團和阿笠博士來到岐阜市內(nèi)游玩。在光彥的提議下，眾人共同觀看了當(dāng)?shù)氐挠⑿坌惚硌荨１硌萁Y(jié)束后，光彥因想得到簽名而獨自返回觀看場所，然而他卻在尋找表演人員的過程中遭到綁架……與此同時，在博物館展出的信長公像也一并失竊。光彥能否獲救？柯南眾人尋盡線索，希望迅速找出幕后黑手。

警方確定了一起寶石搶劫案的嫌疑人，嫌疑人鷹取嚴(yán)男躲在一個倉庫里，不知為何柯南與小五郎也在場。警方突破倉庫門進入準(zhǔn)備抓捕嫌疑人時，鷹取嚴(yán)男打開事先設(shè)下的陷阱，趁現(xiàn)場混亂之時綁架了柯南當(dāng)做人質(zhì)逃跑。柯南在犯人車上伺機逃跑，不料卻跑進死胡同里被抓。無奈之下柯南被帶到了一個荒廢的倉庫里，犯人鷹取嚴(yán)男究竟想讓柯南做些什么？

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現(xiàn)場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當(dāng)柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發(fā)生了。

正在公園里踢足球的少年偵探團突然聽到一聲慘叫，房間里沖出來一個人慌張的讓他們報警，此人正是受害人小久保女士的侄子。所有可能殺害小久保女士的人都有著不在場證明，就在眾人一籌莫展時，小久保女士生前飼養(yǎng)的八哥引起了柯南的注意，這只一直口出惡言的八哥為解開案件提供了關(guān)鍵的線索。

毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說有天狗出沒的山里玩，路遇鄉(xiāng)土學(xué)者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點參觀，卻意外撞到鎮(zhèn)長帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮(zhèn)長為何要扮成天狗？他自殺的動機又是什么？