少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹找貓的時(shí)候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

某天小五郎偶遇了大木田社長(zhǎng)并把自己的名片給了他。之后的晚上大木田突發(fā)心臟病身亡，而小五郎和小蘭，柯南為了配合調(diào)查也來到大木田的家里。在調(diào)查了現(xiàn)場(chǎng)之后柯南發(fā)現(xiàn)了大木田大量出汗的事實(shí)，而從現(xiàn)場(chǎng)外面的花和點(diǎn)心處發(fā)現(xiàn)了大木田死亡的真正的原因。之后柯南得知了社長(zhǎng)和司機(jī)之間的矛盾后推理的方向也越加明確最終柯南以新一的身份告訴了暮目警官犯人的真實(shí)身份并抓獲了犯人。

委托人為表示感謝，招待小五郎三人溫泉旅行，他們?cè)诖畛藴娇h的列車上，遇到了兩名爭(zhēng)吵的醫(yī)生佐藤、伊達(dá)，期間伊達(dá)曾生氣離開。換乘休息的途中，警察在與湯之山線列車路線基本相同的花之街線列車上發(fā)現(xiàn)尸體，柯南洞察到伊達(dá)神情怪異有犯罪嫌疑，可他是怎么樣在兩趟不一樣的列車上游走殺人的？

園子、小蘭和柯南三人一起參加搖滾樂團(tuán)雷克斯的慶功宴，卡拉OK包廂內(nèi)，大家都因雷克斯樂團(tuán)將要解散而面露悲傷，在主唱達(dá)也演唱完《血紅的維納斯》后，中毒猝死，在場(chǎng)的人都有作案的嫌疑，柯南無意看到達(dá)也以前的樂團(tuán)照片后，便明白了兇手是誰，他躲在暗處以工藤新一的身份將兇手揭露，而因這場(chǎng)兇案牽扯出的愛恨情仇也無疑讓所有人扼腕嘆息。

阿笠博士送給柯南一幅追蹤犯人眼鏡，柯南本想把發(fā)信器粘在小蘭身上，卻陰錯(cuò)陽差的粘在了來偵探事務(wù)所找爸爸的雅美手表上，根據(jù)女孩提供的信息柯南在賽馬場(chǎng)找到了女孩的爸爸健三，事情本應(yīng)就此結(jié)束，可第二天傳來的卻是健三的死訊，擔(dān)心雅美有危險(xiǎn)，柯南利用追蹤器找到了一個(gè)高大的男人并非雅美，從柯南另一個(gè)參與此事的偵探口中得知此事并非尋人那么簡(jiǎn)單，深入調(diào)查過程中，又出現(xiàn)了一樁命案。