少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒(méi)想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

柯南們?nèi)⒂^(guān)步美發(fā)現(xiàn)的可愛(ài)的新房子。從閣樓的天窗可以看到毛利偵探事務(wù)所的一部分。2天后柯南們從步美那聽(tīng)說(shuō)，那個(gè)房屋賣(mài)掉了。據(jù)說(shuō)買(mǎi)主是一對(duì)70多歲的老夫婦。而在柯南他們認(rèn)識(shí)那個(gè)房屋里的老太太之后，偷拍在事務(wù)所吃晚飯的柯南們的人物也出現(xiàn)了，竟然是住在閣樓的家的老夫婦！而柯南也最終發(fā)現(xiàn)了老夫婦的真實(shí)身份。

放學(xué)后，大家一起去由香家看鸚鵡，可是屋子里竟然出現(xiàn)了一個(gè)陌生男子，他說(shuō)自己是由香媽媽的同事，可以看出由香非常討厭這個(gè)男人，之后，她又發(fā)現(xiàn)自己鸚鵡和之前有所不同，元太等人認(rèn)為鸚鵡一定被這個(gè)男人調(diào)了包，便瞞著柯南在暗中展開(kāi)了調(diào)查，沒(méi)想到事實(shí)真如他們料想一般，那么，他到底有何目的？由香又是否會(huì)有生命危險(xiǎn)？

由美說(shuō)今天并沒(méi)發(fā)生交通意外什么的，這可讓柯南犯了難，就在這時(shí)，便利店店長(zhǎng)的一句話(huà)給了柯南提示，為證實(shí)自己的想法他還去翻垃圾桶，所幸一切如他料想一般，于是，大家一起乘由美的車(chē)來(lái)到一座舊倉(cāng)庫(kù)，可遺憾的是他們并沒(méi)有找到翔子，反而看到了兩只小貓，知道了翔子的秘密后，柯南又在倉(cāng)庫(kù)外發(fā)現(xiàn)了出車(chē)禍的痕跡，難道說(shuō)翔子有危險(xiǎn)？

阿笠博士帶著柯南等人一起來(lái)到丸見(jiàn)碼頭釣魚(yú)，還在這里結(jié)識(shí)了釣客白根、金谷和江尻 ，之后，大家各自尋找釣魚(yú)的位置，唯獨(dú)江尻一人在防波塊上釣魚(yú)，經(jīng)過(guò)了漫長(zhǎng)的等待，除了光彥釣上了一條竹莢魚(yú)，其余人均無(wú)所獲，就在大伙兒準(zhǔn)備離開(kāi)時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)江尻中毒昏倒。