殺人案件發(fā)生之后，警方立刻調查旅館中所有人的不在場證明，與此同時，小五郎等人分別進入德備、荒巖以及野平的房間，查看他們是否有能夠運送液體的容器，期間，身為畫家的德備提議把小蘭所看的到的河童畫下來，就在大伙聚在德備房內研究河童時，柯南發(fā)現(xiàn)了關鍵線索，他將大談外星人理論的山村警官麻醉，說出了事情的真相，至于小蘭看到的河童，那不過是……

服部這次帶來的案件是五年前去世的犬伏集團會長的養(yǎng)子女們接二連三離奇死亡的事件，而且據(jù)說案件是由身上纏繞火焰像犬一樣的魔物所造成的，因為其中一名養(yǎng)子跟和葉的母親是舊識，于是柯南和服部一起登門拜訪探聽詳細情況，沒想到對方的名字竟然是工藤伸一與工藤新一讀音相似，在他們詢問之前，伸一竟然被人設計成一氧化碳中毒而亡，之后，前來調查的警方從死者口中發(fā)現(xiàn)了一顆掉落的珍珠，這會是死者留下的死亡訊息嗎？

柯南用變聲領結將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質中剩下的三名人質揪了出來，本以為一切就此結束，沒想到……

就在光彥撥通報警電話之時，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團的各位陷入了危機，就在這時步美注意到柯南發(fā)出的信號，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機打電話來分散犯人的注意力，但因為聲音太大反而引發(fā)了犯人的注意。而此時犯人也發(fā)現(xiàn)了孩子們的計謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂?shù)臅r候，發(fā)現(xiàn)了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因為腳底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當大伙兒再次來到菜園進行現(xiàn)場調查時，柯南發(fā)現(xiàn)了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關鍵線索。