打算盜取鈴木財閥家的黑珍珠BLACK STAR的怪盜基德，想起了以前關于鐘臺的一個事件，那是工藤新一和怪盜基德的第一次交手。另一方面，小五郎的事務所里收到一封附有支票的不明發(fā)信人的信函，并且在其上方還有一行奇怪的話語。

雖然可以確定兇手就是大場先生，但是還有兩個疑點未能破解，就在新一深入調查的時候，他的身體突然一陣疼痛，藥物正在漸漸失效，他強忍住即將變小的身體所帶來的痛苦，堅持將案件的真相公諸于眾，案件完美解決之后，新一又變回了柯南，再次的突然離開，他將如何向小蘭解釋？

深夜大地震，帝丹神社的秦錢被落下的鐘壓下而死亡。次日早晨開始調查，但是事情好象并不那么簡單。柯南他們開始在鎮(zhèn)子內搜索。發(fā)現(xiàn)死者房間中頭部留出的血沾染的竹桿。可能是地震之后回房時遭遇不測。在高木警官即將放棄的時刻受到柯南假扮的暮目警官的鼓勵重新振作起來查案。經過分下調查高木警官揭開了事情的真相。

阿笠博士帶柯南和少年偵探團去伊豆的海水浴場游玩，無意中聽到了當?shù)氐臐O夫下條和吉澤與新加入的漁夫荒卷的爭吵，雙方還約定晚上8點餐廳里見。但荒卷卻遲遲沒有出現(xiàn)最后被發(fā)現(xiàn)死在了沙灘上。在現(xiàn)場調查之時柯南發(fā)現(xiàn)船上留下的紐扣的疑點，而死者滿是劃痕的手機使柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的真實名目，但是犯人的殺人動機又是什么呢？

正當少年偵探團在西多摩郡龍神山游玩之時，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號所指示的地點，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。