步美偶然撞上的殺人魔在逃。根據在她手上留下的痕跡，柯南和佐藤警官確定了犯人所乘車輛的車種，之后緊急拘捕了3名嫌疑者。因為犯人可能持有沾血的鑰匙，柯南推測鑰匙孔里會有血便請求測試熒光反應，但是竟然都沒有檢測出反應！就在這時柯南發現了犯人躲避檢測的發法，在柯南的協助下警方終于逮捕了犯人。

少年偵探隊為幫白鳥警官報仇，堅持留下來和警察一起進行破案，根據歹徒留下來的警告信，警方認為炸彈就安在紅色的電車上，可是費盡力氣找到的全都是用來混淆視聽的假炸彈，如果找不到炸彈,住在東京區的1200萬居民都將成為人質，柯南再次仔細琢磨這封警告信，發現歹徒所指的地方就是東都塔，并且那里也已經發生了一次小型爆炸。高木警官和柯南沖入東都塔，成功將困在電梯的女孩解救，但他們兩人就沒有那么幸運了，柯南發現裝在炸彈上的水銀汞柱已經啟動！

受園子的邀請，柯南和小蘭為出席大賀財團繼承人大賀真哉的結婚酒宴乘新干線來到了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的員工高橋純一。但是在第二天的結婚儀式前，放在新娘的化裝間里大賀家傳家寶紅寶石戒指卻失蹤了！而新娘香取茜草也不知道被誰綁架，在一系列偵查之后柯南終于發現了犯人的真正目的。

出席熊本網球大會的柯南他們，大會當日小蘭被誘拐。柯南回想小蘭電話中內容判斷出小蘭現在咋橫濱并在獲悉園子所拾到的手機中接收到的兩條短信的內容后，知道內容來自倉庫。在救出小蘭之后眾人發現立川的目的。頒獎典禮上立川果然當中刺殺成增先生。在來苑子的說服下，最終立川放下手中的刀，放棄了這種極端的復仇之路。

平次和和葉子預定來找柯南，但到了預定時間還沒有出現柯南他們很擔心。小蘭突然想起了服部說過要和一個叫楠川的偵探見面。不久柯南他們在楠川的公寓找到線索后來到律師伊藤美沙里的家里。但是伊藤卻聲稱平次他們的事自己完全不知情。但此時服部和和葉正被關在他家的房頂里，原來伊藤的目的是為了逼迫平次解開放有自己偷稅證據的銀行保險箱的密碼，平次和葉子是否能夠脫險？