博士請(qǐng)大家在一個(gè)叫Peach Sunny的咖啡店吃甜點(diǎn)，期間，在靠窗位置有兩個(gè)正在爭(zhēng)吵的人引起柯南的注意，就在博士剛趕到咖啡店時(shí)，突然沖進(jìn)了一輛卡車，撞死了坐在靠窗位置的那位先生，警方趕來(lái)后，得知死者叫相田，而和他一起的是大原企畫(huà)的社長(zhǎng)大原，意外發(fā)生時(shí)，大原正好去了廁所，所以才保住性命，這場(chǎng)看似意外的案件其實(shí)是有人蓄意殺害，那么，兇手是誰(shuí)？他又采用了什么樣手法？

雖然對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行了調(diào)查，但警方無(wú)論如何都找不到?jīng)Q定性的證據(jù)，束手無(wú)策之時(shí)，小五郎提出了他的自殺論，并且得到了目暮警官的認(rèn)同，就在警方準(zhǔn)備以自殺結(jié)案時(shí)，話劇中的黑衣騎士突然出現(xiàn)，在否定了自殺論之后，他摘掉面具，而面具下面正是那張讓小蘭朝思暮想的面容，沒(méi)錯(cuò)，真正的工藤新一登場(chǎng)，在進(jìn)行了一番精彩絕倫的推理后，他卻再次昏倒……

柯南本想找坐在旁邊的灰原商量，可是灰原依舊渾身發(fā)抖，并在茱蒂老師詢問(wèn)灰原身份時(shí)，對(duì)柯南發(fā)出暗示，柯南突然意識(shí)到可能有黑衣組織的人在車上，然而當(dāng)務(wù)之急是找出歹徒的同伙，當(dāng)公車駛?cè)胨淼罆r(shí)，歹徒讓咳嗽的乘客和新出老師換上他們的衣服并準(zhǔn)備帶走一名人質(zhì)以方便逃脫，所幸柯南看穿了他們的計(jì)劃，他指揮少年偵探隊(duì)做好準(zhǔn)備，在公車出隧道的一瞬間采取行動(dòng)……

晚到的杰拉爾·天馬被劍殺死，和天馬有過(guò)爭(zhēng)吵的加那善成為了頭號(hào)嫌疑人。柯南則在勘察現(xiàn)場(chǎng)的時(shí)候發(fā)現(xiàn)窗臺(tái)上不自然的痕跡，而鋼琴上奇怪的東西也吸引了柯南的注意，最終柯南揭穿了像謎一樣的人物的真面目同時(shí)也解開(kāi)了殺害天馬的兇手所用的犯罪手法。在鐵證面前兇手最終承認(rèn)了自己的罪行并說(shuō)出了殺人動(dòng)機(jī)。

柯南在調(diào)查橘律師釣魚(yú)的小船之后發(fā)現(xiàn)可疑的痕跡和莫名遺失的船錨。之后衫村小姐說(shuō)出熊田達(dá)也事情的真相。在看到約翰的狗屋的牌子之后柯南發(fā)現(xiàn)了兇手的身份。利用小五郎的沉睡，柯南向眾人闡述了兇手利用潮水漲落的犯罪手法和殺害熊田達(dá)也的發(fā)法。而兇手也主動(dòng)承認(rèn)了罪行并道出了殺人的理由。