少年偵探隊(duì)為準(zhǔn)備兒童大會(huì)要表演的布偶戲，隨一個(gè)叫海部大學(xué)生去霧之丘高原進(jìn)行特訓(xùn)，可是當(dāng)晚柯南發(fā)現(xiàn)同他們一起來(lái)的小朋友和相應(yīng)的布偶都不見(jiàn)了，就在柯南和光彥去二樓進(jìn)行調(diào)查的時(shí)候，元太和步美也突然失去了蹤影，因?yàn)殡娫捑€被不明人士割斷，兩人跑到離這里最近的另一家民宿，卻看到……

因?yàn)橐匀珗?chǎng)觀眾為人質(zhì)，歹徒更加猖狂，在帶走了五千萬(wàn)元之后，又要求在比賽結(jié)束前追加十億元，否則就射殺觀眾，他還揭露出了隱藏在人群中的警察并讓他們撤離。雖然暮目警官趁著歹徒打電話的機(jī)會(huì)讓在現(xiàn)場(chǎng)的警察搜尋可疑人士，但卻一無(wú)所獲，歹徒到底是怎么打電話且同時(shí)觀察觀眾席上的動(dòng)靜呢？又是如何避開(kāi)大家的耳目呢？

原來(lái)幸田把從寶石店里偷來(lái)的寶石分散埋在了綿貫家的院子里，而警察追過(guò)來(lái)時(shí)幸田稱寶石被埋到了院子里而警方則不得不挖開(kāi)整個(gè)院子。但警察在挖掘后并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)尸體。少年偵探團(tuán)的各位在調(diào)查了綿貫家附近之后發(fā)現(xiàn)了綿貫殺害早苗的事實(shí)和藏尸的地點(diǎn)。在少年偵探團(tuán)們的的指引下警方最終找到了早苗的遺體，而遺落的大波斯菊的種子最終說(shuō)明了早苗鎖在的地點(diǎn)。

少年偵探團(tuán)在廢棄大樓為園游會(huì)練習(xí)的時(shí)候，逃逸的嫌犯在佐藤和高木兩位警官的追擊下闖了進(jìn)來(lái)，嫌犯從屋頂逃到隔壁的美術(shù)館，但佐藤警官還是在廁所將他逮捕，但由于操作失誤，她將自己和歹徒都用手銬銬住無(wú)法自由活動(dòng)，嫌犯東田聲稱他是無(wú)辜的，逃跑完全是為了參加女兒的婚禮，最后佐藤警官?zèng)Q定讓高木和少年偵探團(tuán)在一定的時(shí)限中找到真兇。

在某頒獎(jiǎng)典禮上，攝影師柳瀨因抓拍到火災(zāi)現(xiàn)場(chǎng)而獲獎(jiǎng)，但記者中井突然說(shuō)了一些莫名其妙的話，還往柳瀨身上撒了石灰粉。之后，中井給事務(wù)所打來(lái)電話，說(shuō)自己將要被殺但話還沒(méi)說(shuō)完就被迫中斷，柯南匆忙趕到時(shí)，中井的家中已經(jīng)失火，巧合的是，柳瀨就在對(duì)面拍照片，柯南知道這是有人蓄意為之，他請(qǐng)阿笠博士幫忙找到證據(jù)后，在節(jié)目的錄制現(xiàn)場(chǎng)借小五郎之口揭露真相。