見到高城登之后大家就否定了之前的想法，因為沒有人會帶著自己的孩子進行毒品交易，那么，只有那三個沒有填寫信息表的人最有嫌疑，柯南通過包包中的手帕推斷出進行毒品交易的就是那個做棒球動作的人，于是，大家分頭尋找，與此同時，聽到他們零星對話就斷章取義的警局同事也忙著找高木的包包，面對這種突如其來的狀況，高木能夠找回戒指向佐藤求婚嗎？

柯南、小蘭、小五郎在吃完法國料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現場。而之后那個中年男子在爭斗中從站臺掉下下去當場死亡。根據目擊者以及當事人的證詞警方都認定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調查了犯罪現場后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認了因為女朋友遇到車禍而報復殺人的事實。

終于到了正式盜取“藍色奇跡”這一天，鈴木博物館附近被人圍的水泄不通，而且次郎吉也加派了更多的直升機，柯南在樓頂等待基德出現的時候發現樓上有兩道新的刮痕，這時，基德如約而至，雖然突降大雨但這絲毫沒有造成任何影響，看著基德一步步接近寶石，次郎吉卻淡定的說自己早有防備，他到底有何計劃？基德能否成功盜取寶石并順利脫身？柯南又會有什么樣的行動？

妃英理律師與號稱美女檢察官的九條對簿公堂，本案的被告入室盜竊被屋主發現，當他們扭打的時候，被告人不慎失手將屋主殺死，但九條卻認為被告是蓄意謀殺，甚至想以強盜殺人的罪名讓被告入罪，面對咄咄逼人的檢察官，妃英理勢必會陷入一場硬戰。為幫助妃英理，柯南和小五郎前往案發現場重新調查，他們竟然在這里發現了一條關鍵線索。

小五郎受委托調查游戲軟件工程師板倉死亡。目暮警官斷定是心臟病發作的殺人事件。小五郎懷疑三名委托人是嫌疑犯，但沒有證據。柯南為了得到記錄著黑色組織線索的被害者日記磁片，急于解決事件。但一直沒有機會。而在案件調查方面最終在看到不自然的圍棋盤之后柯南得知死者留下的死前訊息并指出了兇手的所在。